More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4379 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 		 313 aa  640    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  81.79 
 
 		 313 aa  532  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  80.89 
 
 		 314 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  81.15 
 
 		 321 aa  522  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  80.83 
 
 		 313 aa  522  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  80.83 
 
 		 311 aa  522  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  79.23 
 
 		 313 aa  515  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  80.66 
 
 		 322 aa  512  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  78.9 
 
 		 322 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  74.6 
 
 		 319 aa  475  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  72.2 
 
 		 313 aa  461  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  69.93 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  66.13 
 
 		 311 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  66.13 
 
 		 311 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  66.77 
 
 		 311 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  69.44 
 
 		 306 aa  407  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  67.1 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  67.1 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  67.1 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.1 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  67.91 
 
 		 311 aa  408  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  66.45 
 
 		 311 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  68.92 
 
 		 307 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  66.45 
 
 		 311 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  67.1 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  67.1 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  68.92 
 
 		 311 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  67.1 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  66.45 
 
 		 311 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  67.67 
 
 		 309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  68.58 
 
 		 311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  66.23 
 
 		 311 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  67.33 
 
 		 309 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  67.59 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  65.16 
 
 		 286 aa  359  4e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  62.12 
 
 		 283 aa  349  4e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  59.09 
 
 		 285 aa  344  1e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  59.52 
 
 		 281 aa  339  2.9999999999999998e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.48 
 
 		 309 aa  338  7e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  57.68 
 
 		 281 aa  336  1.9999999999999998e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.81 
 
 		 307 aa  335  3.9999999999999995e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  53.95 
 
 		 280 aa  299  5e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  52.2 
 
 		 287 aa  294  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  48.7 
 
 		 341 aa  290  2e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.12 
 
 		 285 aa  290  3e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  51.9 
 
 		 285 aa  289  4e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  52.86 
 
 		 288 aa  289  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  51.9 
 
 		 285 aa  288  8e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  52.72 
 
 		 284 aa  288  8e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  51.86 
 
 		 284 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  49.66 
 
 		 287 aa  287  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  51.9 
 
 		 285 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  52.38 
 
 		 282 aa  286  4e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  47.7 
 
 		 372 aa  285  5e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  51.19 
 
 		 284 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  51.56 
 
 		 285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0136  RNA polymerase factor sigma-32  52.56 
 
 		 286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.27298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  51.19 
 
 		 284 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  52.4 
 
 		 286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  51.53 
 
 		 284 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  51.55 
 
 		 284 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  51.53 
 
 		 284 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  51.53 
 
 		 284 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  52.54 
 
 		 291 aa  281  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.74 
 
 		 289 aa  280  3e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  51.04 
 
 		 285 aa  279  3e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  51.18 
 
 		 288 aa  279  3e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  51.52 
 
 		 288 aa  279  4e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.66 
 
 		 289 aa  278  6e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  49.83 
 
 		 277 aa  277  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  52.43 
 
 		 286 aa  277  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0224  RNA polymerase factor sigma-32  52.94 
 
 		 285 aa  276  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0696164 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  49.66 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2594  RNA polymerase factor sigma-32  50.99 
 
 		 284 aa  275  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4325  RNA polymerase factor sigma-32  52.7 
 
 		 288 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.451736  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2721  RNA polymerase factor sigma-32  50.99 
 
 		 284 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  51.21 
 
 		 285 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0059  alternative sigma factor RpoH  48.63 
 
 		 286 aa  274  2.0000000000000002e-72  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.314637  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2991  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.63 
 
 		 281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.965699  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.21 
 
 		 287 aa  273  3e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  47.44 
 
 		 285 aa  272  4.0000000000000004e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  50.33 
 
 		 285 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3976  RNA polymerase factor sigma-32  51.9 
 
 		 285 aa  271  9e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0908412  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0580  RNA polymerase factor sigma-32  51.9 
 
 		 285 aa  271  9e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000361022  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4172  RNA polymerase factor sigma-32  53.22 
 
 		 284 aa  271  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0242  RNA polymerase factor sigma-32  51.9 
 
 		 285 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330072  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  49.65 
 
 		 283 aa  271  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  48.14 
 
 		 284 aa  271  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  48.46 
 
 		 285 aa  271  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  49 
 
 		 286 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 		 285 aa  270  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  50.17 
 
 		 288 aa  270  2e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>