More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0374 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 		 306 aa  628  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  89.97 
 
 		 309 aa  574  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  89.64 
 
 		 309 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  76.28 
 
 		 311 aa  490  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  75.48 
 
 		 309 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  73.77 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  73.77 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  73.55 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  73.77 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  73.55 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  73.55 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  77.58 
 
 		 307 aa  454  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  73.77 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  76.87 
 
 		 311 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  73.23 
 
 		 311 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  74.01 
 
 		 311 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  78.29 
 
 		 311 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  74.01 
 
 		 311 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  74.01 
 
 		 311 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  73.03 
 
 		 311 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  76.87 
 
 		 311 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  73.03 
 
 		 311 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  75.44 
 
 		 311 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  68.69 
 
 		 321 aa  420  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  68.69 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  69.03 
 
 		 314 aa  415  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  69.44 
 
 		 313 aa  407  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  68.61 
 
 		 313 aa  407  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  66.46 
 
 		 319 aa  408  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  65.4 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  65.71 
 
 		 322 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  64.33 
 
 		 322 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  67.33 
 
 		 313 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  63.92 
 
 		 313 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  68.06 
 
 		 286 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  61.22 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  61.51 
 
 		 307 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  64.21 
 
 		 283 aa  357  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  61.97 
 
 		 281 aa  355  6.999999999999999e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  61.4 
 
 		 285 aa  353  2e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  64.89 
 
 		 281 aa  345  5e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  56.27 
 
 		 282 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  54.36 
 
 		 286 aa  302  6.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  56.79 
 
 		 284 aa  301  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 285 aa  298  5e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.07 
 
 		 285 aa  297  1e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  56.27 
 
 		 291 aa  296  3e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  56.83 
 
 		 288 aa  296  4e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  54.7 
 
 		 285 aa  295  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 285 aa  293  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  54.41 
 
 		 280 aa  292  4e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  54.93 
 
 		 284 aa  292  5e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 285 aa  292  5e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  55.64 
 
 		 286 aa  292  6e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.04 
 
 		 287 aa  291  7e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  53.31 
 
 		 285 aa  291  7e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  55.43 
 
 		 288 aa  291  1e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  55 
 
 		 287 aa  290  2e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  53.6 
 
 		 285 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  54.58 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  53.79 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  55.68 
 
 		 288 aa  289  4e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  53.79 
 
 		 286 aa  288  7e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  54.45 
 
 		 277 aa  288  8e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4325  RNA polymerase factor sigma-32  54.3 
 
 		 288 aa  288  9e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.451736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  53.24 
 
 		 285 aa  287  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  52.48 
 
 		 284 aa  288  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  54.58 
 
 		 284 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3880  RNA polymerase factor sigma-32  52.71 
 
 		 284 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  52.86 
 
 		 341 aa  287  2e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3837  RNA polymerase factor sigma-32  52.71 
 
 		 284 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3770  RNA polymerase factor sigma-32  52.71 
 
 		 284 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  52.86 
 
 		 287 aa  287  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3939  RNA polymerase factor sigma-32  52.71 
 
 		 284 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3760  RNA polymerase factor sigma-32  52.71 
 
 		 284 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  50.69 
 
 		 285 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  52.5 
 
 		 372 aa  286  4e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  53.96 
 
 		 288 aa  286  4e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  50.87 
 
 		 285 aa  285  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  54.45 
 
 		 284 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  51.92 
 
 		 285 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  51.92 
 
 		 285 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  51.92 
 
 		 285 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4172  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 284 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  51.57 
 
 		 285 aa  285  7e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  53.96 
 
 		 288 aa  285  8e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0224  RNA polymerase factor sigma-32  54.51 
 
 		 285 aa  285  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0696164 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  52.65 
 
 		 285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  53.5 
 
 		 284 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  53.87 
 
 		 284 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0059  alternative sigma factor RpoH  51.99 
 
 		 286 aa  284  2.0000000000000002e-75  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.314637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  53.87 
 
 		 284 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>