More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0325 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 		 309 aa  634    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  88.42 
 
 		 311 aa  567  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  76.92 
 
 		 309 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  76.77 
 
 		 309 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  75.48 
 
 		 306 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  70.92 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  70.92 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  70.92 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  70.92 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  70.92 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  70.92 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  70.92 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  71.24 
 
 		 311 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  71.24 
 
 		 311 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  75.36 
 
 		 311 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  71.57 
 
 		 311 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  71.57 
 
 		 311 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  71.57 
 
 		 311 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  74.39 
 
 		 311 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  70.59 
 
 		 311 aa  447  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  75.36 
 
 		 307 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  75 
 
 		 311 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  68.63 
 
 		 311 aa  435  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  65.4 
 
 		 319 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  64.87 
 
 		 321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  67.89 
 
 		 311 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.02 
 
 		 314 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  67.59 
 
 		 313 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  64.33 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  64.84 
 
 		 313 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  65.02 
 
 		 322 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  64.69 
 
 		 322 aa  394  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  70.07 
 
 		 286 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  65.53 
 
 		 313 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  63.29 
 
 		 313 aa  382  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  65.38 
 
 		 283 aa  374  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  60.81 
 
 		 309 aa  373  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  60.07 
 
 		 307 aa  368  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  64.89 
 
 		 281 aa  358  4e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  61.13 
 
 		 285 aa  353  2e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  60.78 
 
 		 281 aa  348  5e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  55.67 
 
 		 282 aa  315  9e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  56.03 
 
 		 291 aa  310  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  56.36 
 
 		 288 aa  306  3e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.1 
 
 		 287 aa  305  6e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  56.62 
 
 		 288 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  56.32 
 
 		 287 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.54 
 
 		 289 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.14 
 
 		 285 aa  301  7.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  56.03 
 
 		 277 aa  300  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  55.35 
 
 		 280 aa  298  7e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  54.01 
 
 		 285 aa  297  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  55.05 
 
 		 285 aa  298  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4325  RNA polymerase factor sigma-32  58.09 
 
 		 288 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.451736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  53.5 
 
 		 285 aa  296  4e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  53.85 
 
 		 284 aa  296  4e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  54.98 
 
 		 372 aa  296  4e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  54.36 
 
 		 285 aa  295  5e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  54.36 
 
 		 285 aa  295  7e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  57.35 
 
 		 288 aa  295  7e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  54.58 
 
 		 283 aa  295  8e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  52.84 
 
 		 285 aa  294  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  54.98 
 
 		 285 aa  294  2e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  55.07 
 
 		 286 aa  293  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 285 aa  293  4e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  55.11 
 
 		 284 aa  292  5e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  56.67 
 
 		 286 aa  292  5e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  53.66 
 
 		 285 aa  291  7e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  53.66 
 
 		 285 aa  291  7e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  53.66 
 
 		 285 aa  291  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 285 aa  291  8e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  53.66 
 
 		 285 aa  291  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  53.95 
 
 		 285 aa  291  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  54.01 
 
 		 285 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  54.01 
 
 		 285 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  54.01 
 
 		 285 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  54.01 
 
 		 285 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  54.24 
 
 		 341 aa  290  2e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  54.24 
 
 		 287 aa  290  2e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3939  RNA polymerase factor sigma-32  55.04 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3837  RNA polymerase factor sigma-32  55.04 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3770  RNA polymerase factor sigma-32  55.04 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.55 
 
 		 291 aa  290  3e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  55.4 
 
 		 284 aa  289  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3880  RNA polymerase factor sigma-32  55.04 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  54.18 
 
 		 284 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3760  RNA polymerase factor sigma-32  55.04 
 
 		 284 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  54.91 
 
 		 284 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  54.91 
 
 		 284 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  53.62 
 
 		 285 aa  288  9e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  54.91 
 
 		 284 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  54.95 
 
 		 284 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>