More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4274 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4274  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  600  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3769  LysR family transcriptional regulator  74.4 
 
 		 299 aa  443  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.283182  normal  0.37773 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6414  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 296 aa  431  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.632456  normal  0.773226 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2910  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.64 
 
 		 312 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.857006  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 330 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  32.32 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0286  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.794567 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.61 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7162  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 312 aa  124  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 318 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3504  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4035  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  28.93 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7271  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  30.74 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1836  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7486  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6198  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0517746 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 295 aa  108  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 295 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  28.42 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5443  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.62 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147053  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2319  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0393136 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>