More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0756 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
295 aa  599  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.73 
 
 
288 aa  424  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.32 
 
 
290 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.86 
 
 
288 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
298 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.42 
 
 
296 aa  267  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  48.46 
 
 
298 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
296 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
296 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  50.34 
 
 
297 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.3 
 
 
303 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
298 aa  258  6e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
303 aa  255  6e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.47 
 
 
297 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  44.63 
 
 
303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.49 
 
 
305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  44.85 
 
 
304 aa  253  3e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.85 
 
 
304 aa  252  6e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.6 
 
 
305 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.76 
 
 
300 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.13 
 
 
291 aa  248  1e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.1 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  46.67 
 
 
322 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.67 
 
 
322 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.67 
 
 
322 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  47.48 
 
 
338 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  47.48 
 
 
338 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  47.48 
 
 
338 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.56 
 
 
321 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  46 
 
 
322 aa  235  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.21 
 
 
323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.56 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.56 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.9 
 
 
322 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 
322 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.05 
 
 
324 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.33 
 
 
266 aa  208  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
294 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.99 
 
 
294 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  36.03 
 
 
303 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
326 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  35.64 
 
 
304 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
303 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
308 aa  126  5e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
319 aa  126  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  32.9 
 
 
319 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
324 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
319 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
298 aa  116  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.85 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.87 
 
 
323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  32.11 
 
 
329 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5661  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
329 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.51 
 
 
322 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
326 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
338 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 
320 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.3 
 
 
322 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
326 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
313 aa  106  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
321 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
322 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  28.26 
 
 
318 aa  104  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
314 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
329 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 
323 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
317 aa  101  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
336 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.08 
 
 
306 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.31 
 
 
339 aa  96.7  4e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
326 aa  96.3  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
327 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
326 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.8 
 
 
298 aa  93.2  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
326 aa  92.8  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
334 aa  92.4  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
340 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
281 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
326 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1261  UDP-glucose 4-epimerase  31.44 
 
 
321 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.22 
 
 
333 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.71 
 
 
335 aa  87.8  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
334 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.07 
 
 
336 aa  87  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.97 
 
 
334 aa  87  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  27.95 
 
 
316 aa  87.4  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
335 aa  87  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  29.11 
 
 
329 aa  86.7  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 
311 aa  87  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1448  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  29.84 
 
 
303 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000898227 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.05 
 
 
350 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
326 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1708  UDP-glucose 4-epimerase  30.12 
 
 
331 aa  85.9  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.380668  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  29.62 
 
 
328 aa  85.5  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.09 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3850  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  29.84 
 
 
303 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1463  UDP-glucose 4-epimerase  30.64 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.612123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>