More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4473 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
327 aa  651    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.89 
 
 
326 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.95 
 
 
314 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.58 
 
 
298 aa  225  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.87 
 
 
338 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.68 
 
 
322 aa  206  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.35 
 
 
342 aa  201  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
319 aa  182  7e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.2 
 
 
324 aa  182  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.49 
 
 
315 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
319 aa  174  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  35.42 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
326 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.23 
 
 
320 aa  159  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  31.53 
 
 
303 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
294 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.44 
 
 
294 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
303 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
322 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  31.75 
 
 
304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
334 aa  149  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.19 
 
 
315 aa  149  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
321 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  29.18 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  29.18 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  29.18 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  29.18 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  29.18 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  29.18 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  28.88 
 
 
337 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
290 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
296 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  29.47 
 
 
318 aa  123  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
308 aa  123  5e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  30.56 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.59 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
298 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
303 aa  110  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  30.13 
 
 
303 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
304 aa  109  6e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  29.83 
 
 
304 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
288 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
340 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
302 aa  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
295 aa  105  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1448  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  27.1 
 
 
303 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000898227 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  30.75 
 
 
322 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
298 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3850  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  27.42 
 
 
303 aa  103  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
305 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.11 
 
 
343 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
323 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.76 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  29.41 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.41 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.41 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  27.61 
 
 
317 aa  97.1  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
322 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
305 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  30.13 
 
 
338 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  30.13 
 
 
338 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  30.13 
 
 
338 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  30.16 
 
 
297 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.66 
 
 
344 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.56 
 
 
345 aa  93.6  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
322 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
321 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
321 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
296 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
324 aa  92.8  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
296 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
288 aa  92.8  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.55 
 
 
368 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
332 aa  92.4  9e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
323 aa  92  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
335 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
321 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.69 
 
 
368 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
301 aa  90.1  4e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
266 aa  89.4  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.21 
 
 
335 aa  87.8  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  26.88 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2614  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.89 
 
 
342 aa  87.4  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.5 
 
 
317 aa  87.4  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
326 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
330 aa  86.7  5e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
334 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
311 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  25.72 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.65 
 
 
316 aa  85.1  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.82 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14151  UDP-glucose 4-epimerase  23.96 
 
 
330 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  25.19 
 
 
330 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
309 aa  84.3  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.23 
 
 
359 aa  83.2  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  25.08 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>