More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0915 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
298 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.98 
 
 
298 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  76.95 
 
 
298 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.01 
 
 
296 aa  392  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.73 
 
 
304 aa  383  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  60.73 
 
 
304 aa  382  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.11 
 
 
305 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.42 
 
 
305 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.39 
 
 
297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.98 
 
 
296 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.98 
 
 
296 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  54.98 
 
 
297 aa  315  8e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.89 
 
 
322 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  55.89 
 
 
322 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.89 
 
 
322 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.86 
 
 
303 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  54.88 
 
 
322 aa  300  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.37 
 
 
323 aa  299  5e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  50.52 
 
 
303 aa  298  8e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.03 
 
 
322 aa  295  6e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  55.79 
 
 
338 aa  295  7e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  55.79 
 
 
338 aa  295  7e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  55.79 
 
 
338 aa  295  7e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.54 
 
 
300 aa  295  8e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.7 
 
 
322 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.18 
 
 
321 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.18 
 
 
321 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.18 
 
 
321 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.18 
 
 
324 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.36 
 
 
288 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.43 
 
 
303 aa  280  2e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.66 
 
 
288 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.6 
 
 
266 aa  263  4e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
295 aa  258  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
290 aa  258  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.41 
 
 
292 aa  250  2e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.32 
 
 
291 aa  229  6e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.88 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 
342 aa  149  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  33.66 
 
 
304 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  33.01 
 
 
303 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
326 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
319 aa  133  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.92 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.92 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
313 aa  126  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
324 aa  119  7e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
326 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
298 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.66 
 
 
322 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
326 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
334 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.62 
 
 
333 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
333 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
413 aa  109  5e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
411 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
331 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
281 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
320 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
336 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  30.65 
 
 
319 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.16 
 
 
323 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
315 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.16 
 
 
323 aa  103  3e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.12 
 
 
327 aa  103  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
333 aa  102  8e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  29.68 
 
 
327 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.23 
 
 
314 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
317 aa  100  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.15 
 
 
336 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.14 
 
 
335 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
340 aa  99  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
314 aa  99  8e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
329 aa  99  9e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
323 aa  99  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
336 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.05 
 
 
335 aa  98.2  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
322 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
417 aa  97.1  3e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
328 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.74 
 
 
345 aa  96.3  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
409 aa  96.3  6e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.43 
 
 
335 aa  95.9  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
326 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.9 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
306 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.61 
 
 
334 aa  95.1  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
330 aa  94.7  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.19 
 
 
373 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 
288 aa  93.6  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.52 
 
 
344 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.02 
 
 
356 aa  93.2  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>