More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4472 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
328 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  88.51 
 
 
328 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.76 
 
 
329 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.56 
 
 
368 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.65 
 
 
327 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.97 
 
 
327 aa  486  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.53 
 
 
368 aa  484  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.78 
 
 
327 aa  475  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.04 
 
 
324 aa  421  1e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.62 
 
 
324 aa  414  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.86 
 
 
334 aa  413  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.47 
 
 
325 aa  408  1e-113  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.37 
 
 
321 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.29 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.11 
 
 
323 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.29 
 
 
343 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.29 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.29 
 
 
343 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.8 
 
 
323 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.62 
 
 
330 aa  395  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.57 
 
 
322 aa  391  1e-108  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
343 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.94 
 
 
323 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  58.04 
 
 
355 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.89 
 
 
363 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.8 
 
 
344 aa  384  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.47 
 
 
345 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 
367 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.27 
 
 
344 aa  376  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.72 
 
 
338 aa  376  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.26 
 
 
323 aa  372  1e-102  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.21 
 
 
346 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.75 
 
 
346 aa  371  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 
346 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.8 
 
 
348 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.33 
 
 
353 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.8 
 
 
348 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.8 
 
 
348 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.62 
 
 
346 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.25 
 
 
343 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  54.09 
 
 
373 aa  368  1e-101  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.8 
 
 
348 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
356 aa  370  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.13 
 
 
357 aa  368  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  56.64 
 
 
346 aa  369  1e-101  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.62 
 
 
346 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.64 
 
 
346 aa  369  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.62 
 
 
344 aa  368  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.34 
 
 
362 aa  367  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.41 
 
 
348 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.97 
 
 
361 aa  365  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.18 
 
 
368 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 
348 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.08 
 
 
344 aa  367  1e-100  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 
348 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.02 
 
 
360 aa  364  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.92 
 
 
347 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.09 
 
 
361 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.83 
 
 
348 aa  364  1e-99  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.13 
 
 
363 aa  364  1e-99  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  55.83 
 
 
348 aa  364  1e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.02 
 
 
326 aa  363  1e-99  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.29 
 
 
347 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.79 
 
 
359 aa  363  3e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.6 
 
 
344 aa  362  3e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.92 
 
 
400 aa  362  4e-99  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.59 
 
 
345 aa  362  4e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.25 
 
 
354 aa  362  4e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.26 
 
 
373 aa  362  5.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.26 
 
 
373 aa  362  5.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.14 
 
 
362 aa  361  8e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.98 
 
 
372 aa  361  1e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.14 
 
 
354 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.74 
 
 
362 aa  361  1e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
347 aa  361  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.12 
 
 
360 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.57 
 
 
347 aa  360  2e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56 
 
 
328 aa  360  2e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.84 
 
 
328 aa  360  2e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.16 
 
 
347 aa  359  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.6 
 
 
344 aa  359  3e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 
361 aa  358  7e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.65 
 
 
362 aa  358  8e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.16 
 
 
347 aa  358  9e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.44 
 
 
358 aa  358  9.999999999999999e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.65 
 
 
362 aa  357  9.999999999999999e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.16 
 
 
372 aa  357  9.999999999999999e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.16 
 
 
347 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.68 
 
 
379 aa  357  9.999999999999999e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.65 
 
 
360 aa  357  9.999999999999999e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.82 
 
 
372 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.87 
 
 
359 aa  357  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.87 
 
 
347 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.87 
 
 
347 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.87 
 
 
347 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.92 
 
 
360 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 
372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.87 
 
 
347 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 
372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.34 
 
 
382 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>