More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1005 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 		 348 aa  717    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.01 
 
 		 344 aa  582  1.0000000000000001e-165  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  80.29 
 
 		 355 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.71 
 
 		 343 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.59 
 
 		 343 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.91 
 
 		 346 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.94 
 
 		 346 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.07 
 
 		 344 aa  570  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  76.68 
 
 		 346 aa  566  1e-160  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.68 
 
 		 346 aa  566  1e-160  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.68 
 
 		 344 aa  566  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.68 
 
 		 346 aa  567  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.65 
 
 		 372 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.65 
 
 		 372 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.88 
 
 		 345 aa  555  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.51 
 
 		 346 aa  556  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.05 
 
 		 344 aa  553  1e-156  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.26 
 
 		 346 aa  551  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.41 
 
 		 348 aa  548  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.82 
 
 		 347 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.91 
 
 		 357 aa  550  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.84 
 
 		 348 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.84 
 
 		 348 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.84 
 
 		 348 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.82 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.12 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.82 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.12 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.82 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.82 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.55 
 
 		 348 aa  541  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.55 
 
 		 348 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.82 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.43 
 
 		 347 aa  535  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.35 
 
 		 347 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.3 
 
 		 345 aa  533  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.26 
 
 		 347 aa  528  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.26 
 
 		 347 aa  527  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.51 
 
 		 344 aa  522  1e-147  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.71 
 
 		 344 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.76 
 
 		 343 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.76 
 
 		 343 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.23 
 
 		 339 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.23 
 
 		 339 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  58.51 
 
 		 373 aa  402  1e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.4 
 
 		 334 aa  400  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.04 
 
 		 353 aa  395  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.91 
 
 		 353 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.85 
 
 		 345 aa  393  1e-108  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.42 
 
 		 327 aa  388  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.65 
 
 		 363 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.14 
 
 		 361 aa  387  1e-106  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 		 368 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.44 
 
 		 364 aa  387  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55 
 
 		 361 aa  384  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.08 
 
 		 351 aa  385  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.65 
 
 		 367 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.79 
 
 		 329 aa  383  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.71 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.85 
 
 		 368 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.16 
 
 		 354 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  55.95 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.6 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.22 
 
 		 327 aa  381  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.19 
 
 		 360 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.41 
 
 		 363 aa  376  1e-103  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.65 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.42 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.71 
 
 		 362 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.75 
 
 		 339 aa  372  1e-102  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.36 
 
 		 323 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 		 349 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.53 
 
 		 361 aa  374  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 		 342 aa  372  1e-102  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.42 
 
 		 323 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.78 
 
 		 325 aa  372  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.01 
 
 		 354 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.49 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.9 
 
 		 368 aa  371  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.33 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.12 
 
 		 361 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.55 
 
 		 356 aa  368  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02910  GDP-D-mannose dehydratase  52.69 
 
 		 372 aa  371  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.12 
 
 		 324 aa  368  1e-101  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43847  predicted protein  53.8 
 
 		 362 aa  371  1e-101  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.379971  normal  0.189398 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 		 355 aa  370  1e-101  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.46 
 
 		 328 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.94 
 
 		 327 aa  371  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.35 
 
 		 369 aa  371  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.67 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.42 
 
 		 373 aa  368  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.42 
 
 		 373 aa  368  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.71 
 
 		 352 aa  368  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.41 
 
 		 328 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.03 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.41 
 
 		 360 aa  367  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.41 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.98 
 
 		 324 aa  367  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 379 aa  365  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>