More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3928 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 		 324 aa  665    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  95 
 
 		 321 aa  630  1e-180  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.38 
 
 		 324 aa  578  1e-164  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.12 
 
 		 325 aa  532  1e-150  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.87 
 
 		 322 aa  527  1e-149  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.39 
 
 		 330 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.25 
 
 		 323 aa  442  1e-123  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65 
 
 		 368 aa  430  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.92 
 
 		 334 aa  428  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.86 
 
 		 327 aa  427  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.54 
 
 		 327 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.44 
 
 		 344 aa  422  1e-117  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.38 
 
 		 328 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.09 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.62 
 
 		 328 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.47 
 
 		 362 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.47 
 
 		 362 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8229  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.03 
 
 		 342 aa  412  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.28 
 
 		 345 aa  412  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.67 
 
 		 359 aa  411  1e-114  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.49 
 
 		 329 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 		 327 aa  408  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00720  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.69 
 
 		 331 aa  410  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.240367 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2872  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.63 
 
 		 340 aa  409  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.98 
 
 		 360 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.04 
 
 		 338 aa  410  1e-113  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.89 
 
 		 361 aa  404  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.23 
 
 		 328 aa  402  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.16 
 
 		 358 aa  401  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.36 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.36 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.49 
 
 		 328 aa  402  1e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.45 
 
 		 342 aa  401  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.36 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.36 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  58.02 
 
 		 348 aa  399  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.16 
 
 		 340 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.02 
 
 		 348 aa  399  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1053  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.15 
 
 		 333 aa  396  1e-109  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1307  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.15 
 
 		 363 aa  396  1e-109  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.111837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.34 
 
 		 323 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 		 351 aa  395  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.66 
 
 		 323 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  56.21 
 
 		 355 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.69 
 
 		 350 aa  392  1e-108  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.19 
 
 		 343 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59 
 
 		 349 aa  391  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.29 
 
 		 326 aa  391  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5498  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.3 
 
 		 329 aa  391  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.0182886 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.82 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.61 
 
 		 340 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.61 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.26 
 
 		 335 aa  386  1e-106  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.53 
 
 		 349 aa  386  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.4 
 
 		 346 aa  387  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.36 
 
 		 364 aa  385  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.8 
 
 		 380 aa  387  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.85 
 
 		 367 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.49 
 
 		 323 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.76 
 
 		 345 aa  383  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 		 346 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 		 346 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.27 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  55.33 
 
 		 346 aa  378  1e-104  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.11 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 		 346 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2097  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.46 
 
 		 344 aa  381  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.822363  hitchhiker  0.0000115306 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.33 
 
 		 346 aa  378  1e-104  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.42 
 
 		 344 aa  379  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.72 
 
 		 348 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.72 
 
 		 348 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.72 
 
 		 348 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.72 
 
 		 348 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  54.39 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.34 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.69 
 
 		 343 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  55.33 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.67 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.63 
 
 		 344 aa  375  1e-103  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.94 
 
 		 363 aa  374  1e-103  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.59 
 
 		 362 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.67 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.86 
 
 		 344 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.67 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.42 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.07 
 
 		 368 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.42 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.82 
 
 		 344 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.67 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.89 
 
 		 361 aa  373  1e-102  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>