More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1158 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
344 aa  714    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.63 
 
 
344 aa  632  1e-180  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.34 
 
 
372 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.34 
 
 
372 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.47 
 
 
344 aa  628  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  87.1 
 
 
345 aa  626  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.8 
 
 
346 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.75 
 
 
346 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.58 
 
 
343 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  83.28 
 
 
355 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.58 
 
 
343 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.4 
 
 
346 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.4 
 
 
346 aa  595  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.59 
 
 
357 aa  585  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.82 
 
 
346 aa  587  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  78.65 
 
 
346 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.65 
 
 
346 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.07 
 
 
348 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.45 
 
 
344 aa  567  1e-160  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.71 
 
 
348 aa  557  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.71 
 
 
348 aa  557  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.71 
 
 
348 aa  557  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.13 
 
 
348 aa  555  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.13 
 
 
347 aa  554  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.15 
 
 
345 aa  555  1e-157  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.83 
 
 
347 aa  551  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.83 
 
 
347 aa  551  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.13 
 
 
347 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.13 
 
 
347 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.83 
 
 
347 aa  551  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.83 
 
 
347 aa  551  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.83 
 
 
347 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.08 
 
 
348 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.67 
 
 
344 aa  548  1e-155  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.28 
 
 
347 aa  547  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.08 
 
 
348 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.72 
 
 
347 aa  540  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.97 
 
 
344 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.31 
 
 
347 aa  531  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.9 
 
 
347 aa  533  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 
343 aa  421  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 
343 aa  421  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 
339 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 
339 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  58.93 
 
 
373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.31 
 
 
353 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.68 
 
 
362 aa  394  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.69 
 
 
363 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.28 
 
 
345 aa  391  1e-108  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.69 
 
 
367 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.16 
 
 
360 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
334 aa  394  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.3 
 
 
361 aa  393  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
361 aa  385  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.21 
 
 
362 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.72 
 
 
361 aa  385  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.88 
 
 
354 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.6 
 
 
353 aa  384  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  56.97 
 
 
361 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.01 
 
 
369 aa  387  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.3 
 
 
360 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.43 
 
 
361 aa  381  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.3 
 
 
360 aa  384  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.68 
 
 
363 aa  382  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.89 
 
 
350 aa  383  1e-105  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.43 
 
 
354 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.72 
 
 
360 aa  380  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.94 
 
 
327 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.49 
 
 
362 aa  378  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.01 
 
 
373 aa  379  1e-104  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.36 
 
 
367 aa  379  1e-104  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.9 
 
 
342 aa  378  1e-104  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.51 
 
 
323 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.33 
 
 
359 aa  379  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.68 
 
 
351 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.05 
 
 
327 aa  378  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.72 
 
 
360 aa  380  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.39 
 
 
361 aa  377  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.38 
 
 
352 aa  375  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.86 
 
 
324 aa  375  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43847  predicted protein  55.88 
 
 
362 aa  378  1e-103  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.379971  normal  0.189398 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.53 
 
 
325 aa  378  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.86 
 
 
321 aa  377  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.57 
 
 
327 aa  377  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.96 
 
 
370 aa  376  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.19 
 
 
372 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.3 
 
 
339 aa  371  1e-102  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.61 
 
 
323 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.85 
 
 
400 aa  372  1e-102  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.87 
 
 
367 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.79 
 
 
356 aa  371  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.46 
 
 
324 aa  372  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.29 
 
 
364 aa  374  1e-102  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.23 
 
 
368 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.91 
 
 
323 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.53 
 
 
368 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
365 aa  373  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.33 
 
 
372 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.14 
 
 
368 aa  371  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.09 
 
 
367 aa  371  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>