More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0567 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
334 aa  682    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.24 
 
 
322 aa  432  1e-120  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.25 
 
 
324 aa  432  1e-120  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.92 
 
 
324 aa  428  1e-119  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.21 
 
 
330 aa  423  1e-117  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.01 
 
 
321 aa  420  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.55 
 
 
328 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.86 
 
 
328 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
327 aa  412  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.1 
 
 
323 aa  410  1e-113  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.36 
 
 
345 aa  410  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.6 
 
 
346 aa  408  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.6 
 
 
346 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.18 
 
 
343 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  60.18 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.29 
 
 
346 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
346 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  59.29 
 
 
346 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.43 
 
 
338 aa  404  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.3 
 
 
344 aa  404  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  59.12 
 
 
373 aa  402  1e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.58 
 
 
346 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.78 
 
 
344 aa  401  1e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
362 aa  401  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.45 
 
 
327 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.16 
 
 
360 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.4 
 
 
348 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.98 
 
 
343 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.75 
 
 
368 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.81 
 
 
346 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.44 
 
 
323 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
362 aa  401  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
347 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.09 
 
 
340 aa  398  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.12 
 
 
343 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.48 
 
 
357 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.99 
 
 
323 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.49 
 
 
340 aa  398  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.12 
 
 
343 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 
347 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.47 
 
 
345 aa  396  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.57 
 
 
325 aa  397  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.24 
 
 
348 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.04 
 
 
372 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.24 
 
 
348 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.04 
 
 
372 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.24 
 
 
348 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.91 
 
 
344 aa  392  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.58 
 
 
347 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.7 
 
 
361 aa  392  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
347 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
347 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.58 
 
 
347 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.94 
 
 
348 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.46 
 
 
368 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.29 
 
 
344 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
347 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.76 
 
 
367 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.49 
 
 
340 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.94 
 
 
329 aa  393  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
344 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
348 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
363 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
348 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
347 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.28 
 
 
347 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.82 
 
 
347 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.36 
 
 
327 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.13 
 
 
358 aa  388  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.26 
 
 
328 aa  387  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.74 
 
 
368 aa  387  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.89 
 
 
323 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  56.92 
 
 
348 aa  387  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.57 
 
 
340 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 
347 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 
347 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8229  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.66 
 
 
342 aa  386  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.92 
 
 
348 aa  387  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00720  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
331 aa  385  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.240367 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.8 
 
 
380 aa  385  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2872  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.62 
 
 
340 aa  384  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.14 
 
 
361 aa  381  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.95 
 
 
335 aa  382  1e-105  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.72 
 
 
359 aa  382  1e-105  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.55 
 
 
344 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.97 
 
 
342 aa  382  1e-105  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.4 
 
 
354 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.56 
 
 
351 aa  381  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.31 
 
 
372 aa  379  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.62 
 
 
344 aa  379  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.46 
 
 
345 aa  379  1e-104  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.24 
 
 
353 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.17 
 
 
359 aa  379  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2349  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.87 
 
 
374 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.41 
 
 
353 aa  377  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.52 
 
 
387 aa  375  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.78 
 
 
362 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.73 
 
 
360 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>