More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3251 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  89.44 
 
 
362 aa  687    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
372 aa  778    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.72 
 
 
361 aa  614  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.04 
 
 
363 aa  608  1e-173  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.45 
 
 
361 aa  605  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.75 
 
 
360 aa  598  1e-170  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.25 
 
 
360 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.19 
 
 
360 aa  595  1e-169  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.6 
 
 
381 aa  594  1e-169  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.34 
 
 
360 aa  589  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.2 
 
 
379 aa  590  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.39 
 
 
379 aa  586  1e-166  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.67 
 
 
383 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  73.78 
 
 
372 aa  578  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.34 
 
 
369 aa  579  1e-164  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.46 
 
 
382 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.34 
 
 
382 aa  575  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.83 
 
 
372 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.14 
 
 
371 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.78 
 
 
368 aa  565  1e-160  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.12 
 
 
400 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.82 
 
 
372 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  70.77 
 
 
401 aa  561  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.33 
 
 
373 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.33 
 
 
373 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.33 
 
 
373 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.08 
 
 
373 aa  558  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.6 
 
 
373 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0627  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.03 
 
 
374 aa  559  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.67 
 
 
360 aa  560  1e-158  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.08 
 
 
373 aa  558  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.33 
 
 
373 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0119174 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  71.23 
 
 
373 aa  555  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
373 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
373 aa  555  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
373 aa  555  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
373 aa  555  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.65 
 
 
371 aa  555  1e-157  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.11 
 
 
362 aa  557  1e-157  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
373 aa  555  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2349  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.48 
 
 
374 aa  556  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2694  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.75 
 
 
401 aa  555  1e-157  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.093727 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
373 aa  555  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.78 
 
 
388 aa  557  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.58 
 
 
367 aa  557  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70 
 
 
372 aa  552  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.51 
 
 
373 aa  553  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.5 
 
 
367 aa  554  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70 
 
 
373 aa  553  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
373 aa  550  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.97 
 
 
372 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.52 
 
 
372 aa  550  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.39 
 
 
362 aa  546  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.88 
 
 
370 aa  547  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.14 
 
 
373 aa  543  1e-153  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.72 
 
 
387 aa  542  1e-153  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.68 
 
 
375 aa  544  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.46 
 
 
372 aa  543  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.44 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.6 
 
 
373 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0302  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.38 
 
 
376 aa  539  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.98 
 
 
397 aa  538  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.86 
 
 
354 aa  538  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.56 
 
 
361 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.19 
 
 
374 aa  536  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02910  GDP-D-mannose dehydratase  68.03 
 
 
372 aa  536  1e-151  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  72.38 
 
 
373 aa  536  1e-151  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.78 
 
 
370 aa  536  1e-151  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.05 
 
 
370 aa  537  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.11 
 
 
375 aa  537  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  69.34 
 
 
370 aa  531  1e-150  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.88 
 
 
353 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.57 
 
 
374 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.1 
 
 
363 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70 
 
 
367 aa  529  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4001  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.11 
 
 
378 aa  529  1e-149  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.95 
 
 
360 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  67.76 
 
 
368 aa  531  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.6 
 
 
373 aa  531  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
380 aa  528  1e-149  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.43 
 
 
352 aa  528  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13991  gdpmannose 4,6-dehydratase  67.96 
 
 
380 aa  525  1e-148  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.193432  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.81 
 
 
359 aa  526  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.23 
 
 
361 aa  525  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.47 
 
 
367 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0589  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.93 
 
 
380 aa  526  1e-148  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155049  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  67.02 
 
 
374 aa  526  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1312  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.84 
 
 
369 aa  524  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  70.14 
 
 
361 aa  524  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.11 
 
 
356 aa  522  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.9 
 
 
365 aa  523  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1790  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.49 
 
 
372 aa  521  1e-147  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5153  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
370 aa  514  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000400711  normal  0.218522 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.7 
 
 
354 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14441  gdpmannose 4,6-dehydratase  65.37 
 
 
364 aa  505  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.327555  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.25 
 
 
351 aa  496  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.09 
 
 
353 aa  488  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  65.8 
 
 
356 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.1 
 
 
371 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.47 
 
 
350 aa  484  1e-135  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>