More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3411 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
335 aa  696    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
360 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.76 
 
 
342 aa  422  1e-117  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.91 
 
 
362 aa  417  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.59 
 
 
338 aa  417  9.999999999999999e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.89 
 
 
358 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.61 
 
 
362 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.76 
 
 
359 aa  409  1e-113  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.96 
 
 
340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.03 
 
 
340 aa  401  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
328 aa  402  1e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  56.52 
 
 
348 aa  398  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
340 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.2 
 
 
340 aa  398  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.52 
 
 
348 aa  398  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  56.64 
 
 
373 aa  396  1e-109  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.02 
 
 
324 aa  396  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
351 aa  395  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.48 
 
 
364 aa  387  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.26 
 
 
324 aa  386  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.57 
 
 
321 aa  385  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0626  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.38 
 
 
349 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
323 aa  384  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.46 
 
 
345 aa  383  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.65 
 
 
362 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.78 
 
 
349 aa  382  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1762  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.71 
 
 
349 aa  384  1e-105  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.319433 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.95 
 
 
334 aa  382  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.62 
 
 
353 aa  381  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.98 
 
 
380 aa  382  1e-105  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.71 
 
 
330 aa  378  1e-104  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2097  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
344 aa  379  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.822363  hitchhiker  0.0000115306 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.35 
 
 
349 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.22 
 
 
373 aa  377  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.42 
 
 
367 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.49 
 
 
361 aa  377  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.62 
 
 
363 aa  376  1e-103  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 
363 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2132  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.85 
 
 
348 aa  376  1e-103  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0323729 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.62 
 
 
362 aa  375  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 
361 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.47 
 
 
361 aa  373  1e-102  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 
372 aa  372  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.94 
 
 
360 aa  371  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.2 
 
 
374 aa  368  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.02 
 
 
359 aa  371  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  53.87 
 
 
356 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1221  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.83 
 
 
355 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.155645  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.2 
 
 
360 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.09 
 
 
383 aa  368  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.39 
 
 
322 aa  370  1e-101  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.54 
 
 
370 aa  371  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.58 
 
 
371 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.03 
 
 
369 aa  370  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.07 
 
 
373 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11545  GDP-D-mannose dehydratase gmdA  56.23 
 
 
340 aa  365  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.3 
 
 
356 aa  366  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.211696  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.1 
 
 
372 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  51.81 
 
 
401 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.6 
 
 
368 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  51.98 
 
 
361 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.22 
 
 
374 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.06 
 
 
326 aa  365  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13991  gdpmannose 4,6-dehydratase  51.53 
 
 
380 aa  364  1e-99  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.193432  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.27 
 
 
382 aa  364  1e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  50.85 
 
 
368 aa  364  1e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.97 
 
 
371 aa  364  1e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.26 
 
 
373 aa  363  2e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.99 
 
 
361 aa  363  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.47 
 
 
352 aa  363  2e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.81 
 
 
373 aa  363  2e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.94 
 
 
350 aa  363  2e-99  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.83 
 
 
371 aa  362  4e-99  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.26 
 
 
370 aa  362  5.0000000000000005e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.31 
 
 
354 aa  361  9e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.75 
 
 
362 aa  360  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.82 
 
 
325 aa  361  1e-98  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.89 
 
 
355 aa  360  2e-98  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.57 
 
 
360 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.7 
 
 
372 aa  360  3e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2129  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.35 
 
 
347 aa  359  3e-98  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.13 
 
 
387 aa  360  3e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  50.14 
 
 
374 aa  360  3e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.39 
 
 
353 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.11 
 
 
375 aa  358  5e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.39 
 
 
372 aa  358  7e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.39 
 
 
375 aa  358  7e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.98 
 
 
370 aa  358  7e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0302  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
376 aa  358  8e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.62 
 
 
361 aa  358  8e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.91 
 
 
360 aa  358  8e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  50.14 
 
 
373 aa  358  9e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
373 aa  358  9e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.91 
 
 
360 aa  358  9e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
373 aa  358  9e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.12 
 
 
372 aa  358  9e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
373 aa  358  9e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.03 
 
 
360 aa  358  9e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
373 aa  358  9e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.7 
 
 
367 aa  358  9e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>