More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2889 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
294 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 
294 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  50.17 
 
 
304 aa  299  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.17 
 
 
303 aa  296  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  50.68 
 
 
303 aa  296  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.83 
 
 
342 aa  231  1e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.3 
 
 
324 aa  229  5e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.19 
 
 
319 aa  224  9e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.16 
 
 
326 aa  221  8e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.97 
 
 
319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
322 aa  215  7e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
320 aa  211  2e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.58 
 
 
308 aa  202  5e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
298 aa  198  7e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.69 
 
 
334 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.01 
 
 
315 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  38.71 
 
 
319 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
321 aa  192  6e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.73 
 
 
322 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.93 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
338 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  30.89 
 
 
318 aa  168  1e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  34.22 
 
 
337 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  34.22 
 
 
337 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  34.22 
 
 
337 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  34.22 
 
 
337 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  34.22 
 
 
337 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  34.22 
 
 
337 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.09 
 
 
290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.09 
 
 
306 aa  166  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  33.84 
 
 
337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 
314 aa  158  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
327 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
303 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
288 aa  152  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.67 
 
 
413 aa  149  4e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  31.6 
 
 
317 aa  149  4e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
303 aa  149  5e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.67 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.94 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  34.94 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.94 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
411 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
322 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.45 
 
 
305 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
324 aa  145  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
305 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
288 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  34.32 
 
 
298 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
296 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  33.65 
 
 
322 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.43 
 
 
333 aa  143  4e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  33.22 
 
 
303 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
302 aa  142  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  33.77 
 
 
297 aa  142  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.01 
 
 
338 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.01 
 
 
338 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.01 
 
 
338 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 
326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
322 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
328 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1448  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  29.24 
 
 
303 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000898227 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
334 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 
298 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3850  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  28.9 
 
 
303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.06 
 
 
323 aa  136  4e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
321 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
321 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.7 
 
 
321 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  33.11 
 
 
304 aa  135  9e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
304 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
335 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.92 
 
 
298 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
326 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.15 
 
 
343 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
315 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
409 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.74 
 
 
323 aa  132  7.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
285 aa  126  5e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.19 
 
 
345 aa  125  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.31 
 
 
344 aa  125  9e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.17 
 
 
345 aa  124  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.51 
 
 
320 aa  125  1e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
334 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.54 
 
 
335 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
336 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
326 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 
327 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
335 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.01 
 
 
342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.55 
 
 
328 aa  120  3e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>