More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2781 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
314 aa  625  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.95 
 
 
327 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.19 
 
 
326 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.04 
 
 
298 aa  261  8.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.41 
 
 
338 aa  220  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
342 aa  218  8.999999999999998e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  41.61 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.35 
 
 
322 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
315 aa  194  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.89 
 
 
319 aa  189  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.08 
 
 
319 aa  187  1e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.78 
 
 
324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.78 
 
 
326 aa  179  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.81 
 
 
294 aa  163  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.81 
 
 
294 aa  163  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
320 aa  155  9e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
334 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  34.41 
 
 
303 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  32.92 
 
 
304 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.02 
 
 
315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.45 
 
 
321 aa  142  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  28.96 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  28.96 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  28.96 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  28.96 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  28.96 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  28.96 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.39 
 
 
290 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  28.66 
 
 
337 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
298 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
300 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  36.23 
 
 
322 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.23 
 
 
322 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.23 
 
 
322 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  34.19 
 
 
322 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
324 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.97 
 
 
322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  31.94 
 
 
298 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
305 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.38 
 
 
305 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
303 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.59 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  34.56 
 
 
317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.25 
 
 
322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 
295 aa  119  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.18 
 
 
338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.18 
 
 
338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.18 
 
 
338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
323 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
297 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  31.83 
 
 
304 aa  116  6e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  32.25 
 
 
297 aa  116  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.96 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.96 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.96 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
298 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
303 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  31.7 
 
 
303 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.92 
 
 
306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  29.21 
 
 
318 aa  107  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
340 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
288 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
266 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
309 aa  102  9e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.17 
 
 
335 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
309 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
332 aa  98.6  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
328 aa  97.4  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
315 aa  97.1  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
330 aa  96.3  6e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0136  UDP-glucose 4-epimerase  28.93 
 
 
324 aa  96.3  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.763249  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
311 aa  95.9  8e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
313 aa  94.4  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.68 
 
 
343 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
333 aa  93.6  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.65 
 
 
292 aa  94.4  3e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
323 aa  92.8  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 
310 aa  92.4  8e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
336 aa  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1089  UDP-glucose 4-epimerase  27.86 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.99 
 
 
328 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
310 aa  90.5  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0016  UDP-galactose 4-epimerase  26.71 
 
 
327 aa  90.5  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00490558  normal  0.701092 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
341 aa  90.1  5e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
334 aa  89.7  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1503  UDP-glucose 4-epimerase  28.12 
 
 
324 aa  89.4  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.615148  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.6 
 
 
345 aa  89.4  8e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
326 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  24.55 
 
 
326 aa  89.4  8e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
326 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  26.22 
 
 
329 aa  89  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>