More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A3804 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  100 
 
 
303 aa  619  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.05 
 
 
303 aa  594  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.33 
 
 
300 aa  360  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.22 
 
 
298 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.52 
 
 
298 aa  298  8e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  51.35 
 
 
298 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  51.71 
 
 
297 aa  293  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.6 
 
 
303 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.11 
 
 
296 aa  290  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.29 
 
 
288 aa  287  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.17 
 
 
305 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.34 
 
 
297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  47.97 
 
 
304 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
304 aa  282  5.000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.17 
 
 
305 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.63 
 
 
296 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.63 
 
 
296 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.99 
 
 
288 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  47.64 
 
 
322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.64 
 
 
322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.64 
 
 
322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.12 
 
 
290 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  47 
 
 
322 aa  264  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.42 
 
 
322 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.77 
 
 
322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  48.04 
 
 
338 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  48.04 
 
 
338 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  48.04 
 
 
338 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.58 
 
 
292 aa  255  8e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.63 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.13 
 
 
323 aa  252  7e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.84 
 
 
324 aa  250  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.04 
 
 
266 aa  248  7e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.49 
 
 
321 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.49 
 
 
321 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.49 
 
 
321 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.38 
 
 
291 aa  243  3e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
315 aa  162  7e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  34.98 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.33 
 
 
342 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
326 aa  145  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
303 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  33.77 
 
 
303 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
294 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.22 
 
 
294 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
308 aa  135  9e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  32.79 
 
 
319 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 
338 aa  126  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
319 aa  125  9e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
340 aa  116  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
324 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
326 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
326 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
326 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
334 aa  108  9.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
334 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
323 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
321 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.21 
 
 
333 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.66 
 
 
322 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
327 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  30.94 
 
 
329 aa  102  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
333 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.74 
 
 
335 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.84 
 
 
335 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 
336 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
302 aa  99  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1448  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  28.57 
 
 
303 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000898227 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
322 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
326 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
417 aa  98.6  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
314 aa  97.4  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2205  UDP-glucose 4-epimerase  29.24 
 
 
327 aa  97.4  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
331 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.76 
 
 
323 aa  97.1  4e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
332 aa  96.7  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3850  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  28.21 
 
 
303 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
406 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
329 aa  96.3  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
322 aa  96.3  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.13 
 
 
335 aa  95.9  7e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
330 aa  95.9  7e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  30.46 
 
 
320 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
328 aa  95.5  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.65 
 
 
336 aa  95.1  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
315 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
322 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
317 aa  95.1  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.18 
 
 
334 aa  94.4  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
312 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1950  UDP-glucose 4-epimerase  30.79 
 
 
328 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00010158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
306 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
317 aa  94.7  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>