More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1975 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 
336 aa  693    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.65 
 
 
336 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.62 
 
 
335 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.3 
 
 
332 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.37 
 
 
334 aa  488  1e-137  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.37 
 
 
334 aa  462  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  63.41 
 
 
335 aa  448  1e-125  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  61.33 
 
 
333 aa  440  9.999999999999999e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.93 
 
 
326 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.68 
 
 
334 aa  427  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.93 
 
 
326 aa  424  1e-118  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.42 
 
 
326 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  57.65 
 
 
335 aa  417  9.999999999999999e-116  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.09 
 
 
326 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.56 
 
 
333 aa  410  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.09 
 
 
326 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.36 
 
 
326 aa  409  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.18 
 
 
323 aa  394  1e-108  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.1 
 
 
336 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  51.65 
 
 
335 aa  388  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.78 
 
 
323 aa  361  9e-99  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.17 
 
 
323 aa  357  9.999999999999999e-98  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.05 
 
 
328 aa  355  5.999999999999999e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.41 
 
 
330 aa  350  2e-95  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.46 
 
 
328 aa  349  5e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.23 
 
 
327 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.48 
 
 
335 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.48 
 
 
330 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
313 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 
312 aa  159  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
327 aa  156  6e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
313 aa  155  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
314 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
345 aa  152  8e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.21 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  32.32 
 
 
308 aa  147  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
324 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.94 
 
 
321 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  34.94 
 
 
321 aa  145  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.94 
 
 
321 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.94 
 
 
321 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
328 aa  145  1e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.54 
 
 
321 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.94 
 
 
321 aa  145  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.64 
 
 
322 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.53 
 
 
322 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.64 
 
 
323 aa  144  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
342 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.23 
 
 
322 aa  143  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.92 
 
 
323 aa  143  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  34.64 
 
 
321 aa  142  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.02 
 
 
325 aa  142  7e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.23 
 
 
322 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.23 
 
 
322 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.24 
 
 
321 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.93 
 
 
322 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.61 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
329 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.19 
 
 
318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.47 
 
 
330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  33.66 
 
 
326 aa  140  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.23 
 
 
322 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1394  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
325 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2336  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.63 
 
 
357 aa  138  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
333 aa  138  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.65 
 
 
299 aa  137  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
322 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.13 
 
 
321 aa  136  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
304 aa  136  4e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0415  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.53 
 
 
324 aa  136  5e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.021137  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.23 
 
 
336 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.65 
 
 
336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.06 
 
 
318 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
332 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2146  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.87 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.478357  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2222  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.76 
 
 
335 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  30.06 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.72 
 
 
350 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
304 aa  135  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3079  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.11 
 
 
342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.544275  unclonable  0.000000030667 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.5 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1124  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.44 
 
 
323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0644506  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.07 
 
 
330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.34 
 
 
321 aa  132  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
317 aa  132  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
329 aa  132  7.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
342 aa  132  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8193  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.02 
 
 
338 aa  132  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  29.79 
 
 
331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4331  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.39 
 
 
331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.79 
 
 
330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  30.75 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>