More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0228 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  100 
 
 
310 aa  640    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.45 
 
 
314 aa  464  9.999999999999999e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.99 
 
 
315 aa  435  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.46 
 
 
320 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000773597 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
313 aa  193  4e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
309 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.75 
 
 
306 aa  188  1e-46  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.98 
 
 
329 aa  187  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.1 
 
 
309 aa  186  4e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
314 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  36.33 
 
 
302 aa  183  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
333 aa  182  6e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
310 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  35.81 
 
 
326 aa  180  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 
323 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.01 
 
 
330 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
313 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
312 aa  177  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.3 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.35 
 
 
345 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.24 
 
 
342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
327 aa  172  5.999999999999999e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
311 aa  171  1e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.24 
 
 
310 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
305 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.09 
 
 
299 aa  171  1e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.46 
 
 
346 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
310 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
302 aa  171  2e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.94 
 
 
303 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.27 
 
 
296 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
313 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
328 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.34 
 
 
309 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 
310 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 
310 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.08 
 
 
309 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.56 
 
 
309 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.36 
 
 
318 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.86 
 
 
322 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.86 
 
 
322 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.86 
 
 
322 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
322 aa  166  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.63 
 
 
350 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.86 
 
 
322 aa  165  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
328 aa  165  8e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
292 aa  165  9e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.5 
 
 
354 aa  165  9e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.873323  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
343 aa  165  9e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.471078  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  33.77 
 
 
345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.54 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.54 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.77 
 
 
344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 
330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.23 
 
 
323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13665  UDP-glucose 4-epimerase galE1  35.16 
 
 
314 aa  162  7e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0159869 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  35.33 
 
 
326 aa  162  8.000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
317 aa  161  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
326 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
325 aa  161  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.54 
 
 
292 aa  161  1e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
304 aa  161  1e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 
292 aa  161  1e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.73 
 
 
354 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
317 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
309 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
353 aa  161  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
317 aa  160  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
314 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.7 
 
 
334 aa  159  4e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.92 
 
 
322 aa  160  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.95 
 
 
298 aa  159  6e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
310 aa  159  8e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 
311 aa  159  8e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.74 
 
 
312 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.25 
 
 
344 aa  158  9e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.87 
 
 
324 aa  158  9e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.6 
 
 
323 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.7 
 
 
316 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.556452  hitchhiker  0.000650625 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
313 aa  158  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
328 aa  158  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
331 aa  158  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0739  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
326 aa  157  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109872  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
330 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
315 aa  156  3e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 
336 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.26 
 
 
307 aa  157  3e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.4 
 
 
343 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  34.73 
 
 
319 aa  156  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
336 aa  156  4e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.150051  normal  0.64899 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
316 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>