More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1394 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1394  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
325 aa  659    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.83 
 
 
324 aa  394  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.04 
 
 
324 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8500  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.25 
 
 
376 aa  368  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.89 
 
 
330 aa  363  2e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.77 
 
 
323 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.05 
 
 
334 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0768033  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.66 
 
 
331 aa  357  9.999999999999999e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 
324 aa  350  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.06 
 
 
324 aa  342  7e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.272895  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.11 
 
 
343 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0337048 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.01 
 
 
330 aa  319  5e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.75 
 
 
331 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.556189  normal  0.226818 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  41.46 
 
 
331 aa  265  7e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.46 
 
 
330 aa  263  4e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0710  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.76 
 
 
337 aa  260  2e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  36.05 
 
 
328 aa  225  8e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.42 
 
 
313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  35.11 
 
 
319 aa  191  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
313 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
309 aa  189  5e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.54 
 
 
314 aa  187  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.22 
 
 
312 aa  186  4e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
310 aa  182  7e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.52 
 
 
304 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
322 aa  179  7e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
310 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.68 
 
 
331 aa  176  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 
306 aa  176  6e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.77 
 
 
310 aa  175  8e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.06 
 
 
312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.3 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.66 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 
325 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.19 
 
 
333 aa  171  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.17 
 
 
307 aa  171  2e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
388 aa  171  2e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
314 aa  169  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
310 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.2 
 
 
310 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.5 
 
 
313 aa  168  1e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.81 
 
 
310 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.57 
 
 
310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.04 
 
 
309 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
310 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.27 
 
 
309 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
321 aa  165  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.52 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.96 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.2 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 
328 aa  163  3e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
314 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
327 aa  162  8.000000000000001e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  34.41 
 
 
302 aa  161  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
335 aa  161  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.763939  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  30.38 
 
 
308 aa  160  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 
315 aa  161  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
299 aa  160  3e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
328 aa  160  4e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
309 aa  159  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
296 aa  159  8e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
292 aa  158  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
316 aa  156  6e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
329 aa  155  7e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
292 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
343 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.28 
 
 
308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
327 aa  153  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
306 aa  153  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
311 aa  153  5e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.01 
 
 
353 aa  152  5.9999999999999996e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
309 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.26 
 
 
342 aa  152  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.97 
 
 
344 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  33.97 
 
 
345 aa  151  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.92 
 
 
309 aa  151  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
308 aa  150  3e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
292 aa  150  4e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
350 aa  149  4e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.19 
 
 
343 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.02 
 
 
315 aa  149  9e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.54 
 
 
330 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
305 aa  147  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
368 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.04 
 
 
340 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0739  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.51 
 
 
326 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109872  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.49 
 
 
318 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
328 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
379 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
328 aa  143  3e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
342 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
316 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
343 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
312 aa  143  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>