More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4808 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 324 aa  659    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.272895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.09 
 
 		 323 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.78 
 
 		 324 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.67 
 
 		 324 aa  457  1e-127  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.51 
 
 		 324 aa  415  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.41 
 
 		 334 aa  413  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0768033  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8500  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.14 
 
 		 376 aa  407  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.35 
 
 		 330 aa  390  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.36 
 
 		 343 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0337048 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.7 
 
 		 331 aa  382  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.74 
 
 		 330 aa  378  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.59 
 
 		 331 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.556189  normal  0.226818 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1394  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.06 
 
 		 325 aa  348  7e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  43.81 
 
 		 331 aa  263  3e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.49 
 
 		 330 aa  260  2e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0710  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.27 
 
 		 337 aa  251  1e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  40.51 
 
 		 328 aa  245  6e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.07 
 
 		 333 aa  208  1e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 		 311 aa  205  9e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.03 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.89 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.78 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.87 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  32.39 
 
 		 319 aa  184  3e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.94 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.94 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.89 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.66 
 
 		 388 aa  179  8e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.5 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 		 312 aa  173  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 		 329 aa  169  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 		 310 aa  169  8e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.66 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.34 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.14 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.78 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 292 aa  165  8e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 		 327 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.91 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  32.59 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 		 353 aa  159  9e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.54 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.1 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 		 301 aa  152  1e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 		 316 aa  149  4e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 		 368 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.49 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  31.1 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.7 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 		 335 aa  149  9e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.763939  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 		 373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  32.26 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.95 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 		 343 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.92 
 
 		 370 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.92 
 
 		 325 aa  145  7.0000000000000006e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.36 
 
 		 370 aa  143  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.32 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.33 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  30.79 
 
 		 340 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>