More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3722 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
335 aa  692    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.6 
 
 
336 aa  536  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  72.62 
 
 
336 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.73 
 
 
332 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.25 
 
 
334 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.77 
 
 
334 aa  476  1e-133  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  63.58 
 
 
333 aa  441  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  62.5 
 
 
335 aa  437  1e-121  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.96 
 
 
323 aa  429  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.33 
 
 
334 aa  421  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.73 
 
 
326 aa  421  1e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.09 
 
 
326 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.79 
 
 
326 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.36 
 
 
326 aa  403  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.64 
 
 
326 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.64 
 
 
326 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  57.23 
 
 
335 aa  402  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.36 
 
 
333 aa  396  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.05 
 
 
335 aa  394  1e-108  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.9 
 
 
336 aa  393  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.25 
 
 
328 aa  365  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.19 
 
 
323 aa  356  2.9999999999999997e-97  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.19 
 
 
323 aa  355  3.9999999999999996e-97  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.51 
 
 
330 aa  345  7e-94  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.31 
 
 
328 aa  334  1e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.96 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
335 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.2 
 
 
328 aa  179  5.999999999999999e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.59 
 
 
313 aa  172  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
327 aa  169  5e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.82 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
313 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
324 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
342 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.49 
 
 
313 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
304 aa  153  4e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 
328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.74 
 
 
321 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
328 aa  150  2e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  31.06 
 
 
323 aa  151  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
329 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
310 aa  150  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  34.44 
 
 
321 aa  149  6e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
303 aa  147  3e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.72 
 
 
318 aa  147  3e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.44 
 
 
321 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.1 
 
 
298 aa  146  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
322 aa  146  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
329 aa  146  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  30.43 
 
 
328 aa  146  6e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.44 
 
 
321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.44 
 
 
321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.44 
 
 
321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  33.23 
 
 
308 aa  145  9e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.83 
 
 
367 aa  145  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.14 
 
 
321 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.64 
 
 
330 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.18 
 
 
310 aa  145  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  31.33 
 
 
326 aa  145  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.53 
 
 
321 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
321 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.2 
 
 
307 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2222  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.87 
 
 
335 aa  145  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  33.64 
 
 
321 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.48 
 
 
318 aa  144  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
317 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.94 
 
 
307 aa  144  2e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
307 aa  144  3e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.99 
 
 
322 aa  143  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.99 
 
 
322 aa  143  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
299 aa  143  4e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
285 aa  143  4e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
311 aa  142  6e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.68 
 
 
322 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
320 aa  142  9e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.68 
 
 
322 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.37 
 
 
322 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.03 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
329 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.37 
 
 
323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.28 
 
 
330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.2 
 
 
331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.65 
 
 
323 aa  140  3e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1394  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
325 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  29.28 
 
 
331 aa  140  3e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.01 
 
 
330 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.1 
 
 
318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
321 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2173  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
332 aa  140  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0967474  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
335 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
322 aa  139  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.75 
 
 
322 aa  139  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.37 
 
 
322 aa  139  7e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2336  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.79 
 
 
357 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
326 aa  139  7e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.476272  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
307 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>