More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5600 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
340 aa  684    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.36 
 
 
313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1486  UDP-glucose 4-epimerase  38.91 
 
 
321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00392704  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
306 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  29.21 
 
 
328 aa  125  1e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
298 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
338 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3871  UDP-glucose 4-epimerase  34.06 
 
 
320 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
342 aa  123  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1148  UDP-glucose 4-epimerase  30.38 
 
 
328 aa  123  6e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.602539  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2250  UDP-glucose 4-epimerase  31.8 
 
 
321 aa  122  7e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  31.48 
 
 
329 aa  122  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  35.78 
 
 
332 aa  122  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5661  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
329 aa  122  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1273  UDP-glucose 4-epimerase  30.06 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  34.88 
 
 
320 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2290  UDP-glucose 4-epimerase  33.84 
 
 
325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.328872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
319 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  30.46 
 
 
330 aa  120  3e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  30.46 
 
 
330 aa  120  3e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0590  UDP-glucose 4-epimerase  30.06 
 
 
328 aa  120  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
326 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  34.47 
 
 
328 aa  119  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  31.71 
 
 
330 aa  119  9e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.64 
 
 
323 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2493  UDP-glucose 4-epimerase  32.15 
 
 
350 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1993  UDP-galactose 4-epimerase  32 
 
 
327 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.101551  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
334 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  32.12 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  31.48 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  31.38 
 
 
326 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  33.64 
 
 
323 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  30.33 
 
 
324 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
335 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2329  UDP-galactose 4-epimerase  31.08 
 
 
335 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00335064  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0608  UDP-glucose 4-epimerase  28.62 
 
 
324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000293819  hitchhiker  0.00261597 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  31.27 
 
 
327 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
334 aa  116  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0024  UDP-glucose 4-epimerase  32.83 
 
 
332 aa  116  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.99 
 
 
303 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
316 aa  115  7.999999999999999e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  32.83 
 
 
328 aa  115  7.999999999999999e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
303 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.29 
 
 
356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  32.92 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  32.34 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
296 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
296 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
332 aa  114  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  30.56 
 
 
327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
329 aa  113  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
325 aa  112  6e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
326 aa  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
334 aa  112  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.16038  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
322 aa  113  6e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1769  UDP-glucose 4-epimerase  32.92 
 
 
320 aa  113  6e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.818465  normal  0.0921457 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  31.37 
 
 
319 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 
326 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.86 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  31.86 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.86 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.5 
 
 
350 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1224  UDP-glucose 4-epimerase  28.8 
 
 
328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00236591  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  31.86 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.67 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2352  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.74 
 
 
352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  31.86 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  31.86 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0517  UDP-glucose 4-epimerase  30.25 
 
 
325 aa  110  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.171515  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2187  UDP-galactose 4-epimerase  30.65 
 
 
327 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  29.23 
 
 
337 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
308 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4513  UDP-glucose 4-epimerase  32.48 
 
 
337 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.17 
 
 
360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.17 
 
 
360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0041  UDP-glucose 4-epimerase  30.03 
 
 
337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1410  UDP-glucose 4-epimerase  31.07 
 
 
339 aa  109  6e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.935662  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0040  UDP-glucose 4-epimerase  32.93 
 
 
330 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0159  UDP-galactose 4-epimerase  34.04 
 
 
330 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.15603  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
306 aa  109  7.000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1722  UDP-galactose 4-epimerase  31.88 
 
 
373 aa  109  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.202169  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1711  UDP-glucose 4-epimerase  29.68 
 
 
329 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0857741  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
319 aa  109  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
309 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  28.88 
 
 
332 aa  108  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0576  UDP-glucose 4-epimerase  28.05 
 
 
325 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  26.69 
 
 
304 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.91 
 
 
352 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2379  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.62 
 
 
349 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577133  hitchhiker  0.00102073 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  27.6 
 
 
338 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27520  UDP-galactose 4-epimerase  31.72 
 
 
321 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  29.72 
 
 
337 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>