More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4935 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  94.17 
 
 
360 aa  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
360 aa  748    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  83.19 
 
 
353 aa  617  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.92 
 
 
355 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  75.92 
 
 
355 aa  569  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.92 
 
 
355 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  73.94 
 
 
363 aa  563  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  73.94 
 
 
363 aa  563  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.36 
 
 
352 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.21 
 
 
355 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.93 
 
 
355 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.21 
 
 
355 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.21 
 
 
355 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.21 
 
 
355 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.8 
 
 
355 aa  554  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.86 
 
 
354 aa  553  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.36 
 
 
360 aa  551  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.93 
 
 
355 aa  547  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.39 
 
 
367 aa  547  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.24 
 
 
355 aa  550  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.93 
 
 
355 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.93 
 
 
355 aa  545  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.93 
 
 
355 aa  546  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.93 
 
 
355 aa  546  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  72.93 
 
 
355 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.7 
 
 
358 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.52 
 
 
355 aa  542  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  72.42 
 
 
365 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.65 
 
 
355 aa  544  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.65 
 
 
355 aa  544  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  69.59 
 
 
371 aa  538  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.97 
 
 
353 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.35 
 
 
355 aa  538  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  71.03 
 
 
365 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.83 
 
 
358 aa  531  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.97 
 
 
358 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  69.15 
 
 
359 aa  529  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.6 
 
 
359 aa  528  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.32 
 
 
359 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.61 
 
 
356 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.1 
 
 
360 aa  524  1e-148  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  69.72 
 
 
356 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  69.13 
 
 
362 aa  526  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.96 
 
 
365 aa  524  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.66 
 
 
361 aa  520  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.39 
 
 
357 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  69.19 
 
 
360 aa  518  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  67.22 
 
 
359 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  65.52 
 
 
375 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.06 
 
 
360 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.73 
 
 
354 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.64 
 
 
361 aa  511  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.64 
 
 
361 aa  511  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.8 
 
 
355 aa  512  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.64 
 
 
361 aa  511  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.35 
 
 
367 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  67.96 
 
 
358 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.36 
 
 
361 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.64 
 
 
361 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  68.36 
 
 
361 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  68.36 
 
 
361 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.17 
 
 
361 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.36 
 
 
361 aa  502  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.49 
 
 
363 aa  503  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.36 
 
 
360 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  68.08 
 
 
361 aa  500  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.51 
 
 
361 aa  497  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.56 
 
 
358 aa  496  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.8 
 
 
363 aa  491  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.71 
 
 
356 aa  487  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3167  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.95 
 
 
343 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.44 
 
 
355 aa  481  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.73 
 
 
358 aa  484  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.86 
 
 
358 aa  478  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.14 
 
 
353 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
363 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.24 
 
 
351 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.25 
 
 
353 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3017  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.57 
 
 
340 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0758664 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.67 
 
 
351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.56 
 
 
357 aa  467  9.999999999999999e-131  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.78 
 
 
353 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  62.22 
 
 
352 aa  464  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.16 
 
 
353 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.53 
 
 
351 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.49 
 
 
352 aa  457  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.64 
 
 
367 aa  459  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.41 
 
 
352 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
360 aa  455  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.83 
 
 
356 aa  456  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.79 
 
 
353 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.66 
 
 
355 aa  455  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0707  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
339 aa  457  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0585358  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 
352 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2242  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.68 
 
 
377 aa  457  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
354 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
353 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.62 
 
 
366 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.92 
 
 
355 aa  449  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
350 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>