More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5836 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  88.83 
 
 
349 aa  641    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4335  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  88.25 
 
 
349 aa  638    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.796314  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
350 aa  712    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3691  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  84.44 
 
 
352 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.139305  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2670  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  84.73 
 
 
352 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.27766  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2352  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  85.01 
 
 
352 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2393  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  84.44 
 
 
352 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.462988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4003  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  84.73 
 
 
352 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  83.67 
 
 
352 aa  609  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2379  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.8 
 
 
349 aa  593  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577133  hitchhiker  0.00102073 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.29 
 
 
352 aa  459  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  62.29 
 
 
352 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1071  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.64 
 
 
348 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.19 
 
 
363 aa  448  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.82 
 
 
351 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.82 
 
 
351 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.96 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.76 
 
 
358 aa  441  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.07 
 
 
352 aa  440  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.49 
 
 
353 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.48 
 
 
356 aa  434  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2992  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.51 
 
 
356 aa  433  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.147327  normal  0.427533 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
354 aa  431  1e-120  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
353 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
353 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.71 
 
 
359 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
353 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.69 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.26 
 
 
365 aa  425  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  56.5 
 
 
363 aa  426  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.64 
 
 
360 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.73 
 
 
360 aa  425  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.69 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.95 
 
 
356 aa  426  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.07 
 
 
371 aa  424  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.69 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.14 
 
 
351 aa  426  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
354 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.69 
 
 
355 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.69 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.37 
 
 
367 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  56.5 
 
 
363 aa  426  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.03 
 
 
358 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.22 
 
 
367 aa  423  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.74 
 
 
356 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.81 
 
 
345 aa  421  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
355 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.83 
 
 
355 aa  420  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  57.67 
 
 
355 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.51 
 
 
360 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.06 
 
 
356 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.22 
 
 
360 aa  420  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.97 
 
 
362 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3054  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
350 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.27 
 
 
359 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.48 
 
 
353 aa  418  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.69 
 
 
355 aa  419  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.87 
 
 
365 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.34 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.39 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.41 
 
 
352 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.71 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3582  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
342 aa  416  9.999999999999999e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.26 
 
 
350 aa  415  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.39 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.55 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.55 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  55.87 
 
 
361 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.43 
 
 
358 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.02 
 
 
357 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.06 
 
 
358 aa  412  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.4 
 
 
360 aa  411  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.86 
 
 
357 aa  411  1e-114  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.62 
 
 
346 aa  414  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.87 
 
 
359 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.59 
 
 
361 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.55 
 
 
355 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  55.87 
 
 
361 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.27 
 
 
360 aa  409  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.56 
 
 
358 aa  408  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
355 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.59 
 
 
361 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
355 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.59 
 
 
361 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.57 
 
 
352 aa  410  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.43 
 
 
359 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  57.67 
 
 
355 aa  410  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.44 
 
 
361 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
366 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  59.53 
 
 
354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.23 
 
 
353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.82 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0614  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.26 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0278686  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.41 
 
 
355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.44 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3843  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.2 
 
 
346 aa  406  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.44 
 
 
361 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.65 
 
 
360 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.88 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00234117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.56 
 
 
358 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>