More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3018 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  82.6 
 
 
358 aa  635    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  91.6 
 
 
365 aa  713    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  85.08 
 
 
356 aa  647    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  100 
 
 
371 aa  775    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  85.64 
 
 
362 aa  665    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  85.36 
 
 
359 aa  649    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  85.64 
 
 
356 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  84.89 
 
 
365 aa  647    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  85.91 
 
 
359 aa  655    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  83.43 
 
 
359 aa  639    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  83.43 
 
 
359 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  80.16 
 
 
375 aa  626  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  78.09 
 
 
361 aa  599  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  78.09 
 
 
361 aa  596  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  76.69 
 
 
361 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  77.81 
 
 
361 aa  593  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  77.53 
 
 
361 aa  590  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.25 
 
 
361 aa  590  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  77.53 
 
 
361 aa  590  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  76.69 
 
 
361 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  76.69 
 
 
361 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  76.69 
 
 
361 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  76.4 
 
 
361 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.11 
 
 
358 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  74.31 
 
 
360 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  73.1 
 
 
363 aa  569  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  73.1 
 
 
363 aa  569  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.07 
 
 
360 aa  570  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.65 
 
 
357 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.7 
 
 
355 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.93 
 
 
358 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.34 
 
 
352 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.7 
 
 
355 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.26 
 
 
358 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  73.42 
 
 
355 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.83 
 
 
367 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.13 
 
 
355 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.13 
 
 
355 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.13 
 
 
355 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.13 
 
 
355 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.86 
 
 
355 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.06 
 
 
353 aa  553  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.78 
 
 
355 aa  551  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.03 
 
 
360 aa  553  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.04 
 
 
355 aa  551  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.8 
 
 
355 aa  553  1e-156  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.98 
 
 
361 aa  551  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.12 
 
 
355 aa  551  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.31 
 
 
355 aa  552  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.31 
 
 
355 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.12 
 
 
355 aa  551  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.04 
 
 
355 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.04 
 
 
355 aa  551  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
355 aa  550  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  71.04 
 
 
355 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.53 
 
 
358 aa  544  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.59 
 
 
360 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.32 
 
 
360 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.67 
 
 
363 aa  535  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.76 
 
 
365 aa  531  1e-150  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.67 
 
 
353 aa  529  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.81 
 
 
360 aa  530  1e-149  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.78 
 
 
355 aa  528  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.48 
 
 
354 aa  526  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.31 
 
 
354 aa  522  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.03 
 
 
360 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.72 
 
 
355 aa  495  1e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.9 
 
 
367 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.16 
 
 
351 aa  484  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.61 
 
 
367 aa  478  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  63.76 
 
 
354 aa  475  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.54 
 
 
357 aa  475  1e-133  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2242  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.54 
 
 
377 aa  473  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
353 aa  471  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
354 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.69 
 
 
355 aa  468  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
358 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.97 
 
 
353 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
397 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.64 
 
 
354 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.83 
 
 
363 aa  469  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
353 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
400 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
400 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3017  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.27 
 
 
340 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0758664 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.24 
 
 
352 aa  465  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.8 
 
 
350 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.05 
 
 
351 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.33 
 
 
351 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.22 
 
 
355 aa  465  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
353 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
353 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
353 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
353 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
400 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
353 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
350 aa  463  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  58.97 
 
 
352 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.97 
 
 
353 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
353 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>