More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0619 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
355 aa  736    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  82.49 
 
 
356 aa  620  1e-177  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  78.98 
 
 
356 aa  574  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.71 
 
 
360 aa  574  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.2 
 
 
353 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.43 
 
 
353 aa  568  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.55 
 
 
360 aa  568  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.86 
 
 
354 aa  570  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
353 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
400 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
353 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
353 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.42 
 
 
354 aa  564  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
400 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
353 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.43 
 
 
353 aa  567  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.57 
 
 
397 aa  564  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
400 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.14 
 
 
355 aa  564  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.21 
 
 
354 aa  564  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.57 
 
 
355 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.43 
 
 
353 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  75.43 
 
 
354 aa  560  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.72 
 
 
353 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75 
 
 
353 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.43 
 
 
353 aa  558  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75 
 
 
353 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.86 
 
 
354 aa  554  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.58 
 
 
356 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.15 
 
 
353 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74 
 
 
350 aa  554  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.43 
 
 
353 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.43 
 
 
357 aa  551  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.86 
 
 
353 aa  552  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.07 
 
 
352 aa  552  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.86 
 
 
353 aa  553  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.43 
 
 
361 aa  553  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.58 
 
 
366 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  75.43 
 
 
352 aa  549  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  75.43 
 
 
352 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.77 
 
 
366 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.44 
 
 
353 aa  544  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.44 
 
 
353 aa  544  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.58 
 
 
353 aa  543  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.5 
 
 
352 aa  542  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.35 
 
 
351 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.73 
 
 
366 aa  519  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.02 
 
 
372 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.19 
 
 
354 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.91 
 
 
358 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6725  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.21 
 
 
353 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.06 
 
 
358 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.49 
 
 
357 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.64 
 
 
358 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.1 
 
 
367 aa  483  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.61 
 
 
361 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.61 
 
 
361 aa  478  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  63.33 
 
 
361 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  63.33 
 
 
361 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.61 
 
 
361 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.78 
 
 
361 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.78 
 
 
361 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.78 
 
 
361 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.28 
 
 
360 aa  473  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6255  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.64 
 
 
353 aa  471  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849165  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.78 
 
 
361 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.61 
 
 
365 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.78 
 
 
361 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.7 
 
 
353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.22 
 
 
361 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.69 
 
 
371 aa  468  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
363 aa  468  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.85 
 
 
355 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  62.97 
 
 
363 aa  461  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  62.97 
 
 
363 aa  461  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.72 
 
 
355 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.72 
 
 
355 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.27 
 
 
353 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.39 
 
 
360 aa  463  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.95 
 
 
355 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.27 
 
 
355 aa  457  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.11 
 
 
360 aa  459  9.999999999999999e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.67 
 
 
355 aa  458  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.95 
 
 
355 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.39 
 
 
352 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.08 
 
 
355 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.95 
 
 
355 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.22 
 
 
359 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.95 
 
 
355 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  64.43 
 
 
355 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.79 
 
 
355 aa  456  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.46 
 
 
356 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.37 
 
 
360 aa  454  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.66 
 
 
360 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.95 
 
 
355 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.75 
 
 
365 aa  455  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.79 
 
 
355 aa  457  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.41 
 
 
362 aa  457  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.47 
 
 
367 aa  455  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62 
 
 
355 aa  455  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>