More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1380 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
356 aa  742    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.66 
 
 
360 aa  612  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.95 
 
 
360 aa  612  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.91 
 
 
353 aa  608  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.94 
 
 
356 aa  604  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.1 
 
 
354 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.4 
 
 
354 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.94 
 
 
355 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.09 
 
 
353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  79.83 
 
 
352 aa  597  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  79.83 
 
 
352 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.08 
 
 
361 aa  591  1e-168  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.92 
 
 
351 aa  574  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.64 
 
 
353 aa  570  1e-161  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.42 
 
 
356 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.61 
 
 
366 aa  565  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.14 
 
 
353 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.61 
 
 
366 aa  559  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.29 
 
 
352 aa  559  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.14 
 
 
352 aa  556  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.58 
 
 
355 aa  555  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.3 
 
 
355 aa  551  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.65 
 
 
400 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.65 
 
 
353 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.65 
 
 
400 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.65 
 
 
400 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.65 
 
 
353 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.8 
 
 
397 aa  547  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.09 
 
 
353 aa  548  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.37 
 
 
353 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.65 
 
 
353 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.37 
 
 
353 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.37 
 
 
353 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.96 
 
 
366 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.65 
 
 
353 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.09 
 
 
353 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.37 
 
 
354 aa  547  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  73.37 
 
 
354 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.52 
 
 
353 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.88 
 
 
354 aa  535  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.24 
 
 
353 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.29 
 
 
350 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.24 
 
 
353 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.39 
 
 
353 aa  537  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.1 
 
 
353 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.07 
 
 
372 aa  536  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.31 
 
 
353 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.82 
 
 
357 aa  523  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.38 
 
 
351 aa  503  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.86 
 
 
354 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.23 
 
 
351 aa  486  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6725  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.04 
 
 
353 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.54 
 
 
358 aa  478  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.53 
 
 
355 aa  476  1e-133  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.69 
 
 
357 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.41 
 
 
358 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6255  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.66 
 
 
353 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849165  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.6 
 
 
361 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.6 
 
 
361 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.41 
 
 
358 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.62 
 
 
362 aa  468  1.0000000000000001e-131  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.793551  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  61.05 
 
 
361 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  61.05 
 
 
361 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.5 
 
 
361 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.45 
 
 
355 aa  466  9.999999999999999e-131  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.5 
 
 
361 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.77 
 
 
361 aa  464  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.5 
 
 
361 aa  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.39 
 
 
360 aa  463  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.08 
 
 
357 aa  461  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.5 
 
 
361 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.5 
 
 
361 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0195  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.38 
 
 
353 aa  462  1e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0224  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.52 
 
 
353 aa  458  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.724621  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0540  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.78 
 
 
363 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.22 
 
 
361 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.61 
 
 
362 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
367 aa  460  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.04 
 
 
353 aa  454  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.74 
 
 
364 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.27 
 
 
360 aa  447  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.22 
 
 
371 aa  450  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.23 
 
 
365 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.98 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
355 aa  442  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2631  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.6 
 
 
360 aa  442  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.66 
 
 
356 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.51 
 
 
365 aa  443  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
360 aa  443  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.29 
 
 
352 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  60.34 
 
 
363 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.85 
 
 
355 aa  437  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.85 
 
 
355 aa  437  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  60.34 
 
 
363 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  62.14 
 
 
355 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.2 
 
 
367 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.92 
 
 
353 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60 
 
 
359 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.38 
 
 
356 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
354 aa  435  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>