More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4058 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  87.99 
 
 
358 aa  670    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  88.24 
 
 
357 aa  672    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
358 aa  746    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  86.27 
 
 
358 aa  657    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  75.41 
 
 
361 aa  580  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  75.41 
 
 
361 aa  580  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.69 
 
 
361 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.69 
 
 
361 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.84 
 
 
359 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.14 
 
 
361 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.92 
 
 
356 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.41 
 
 
361 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.92 
 
 
365 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75 
 
 
359 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.28 
 
 
359 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  73.2 
 
 
361 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  73.2 
 
 
361 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.33 
 
 
355 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  74.5 
 
 
365 aa  565  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  73.2 
 
 
361 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.66 
 
 
352 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  73.2 
 
 
361 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  74.09 
 
 
362 aa  564  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75 
 
 
359 aa  567  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  72.93 
 
 
361 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  73.26 
 
 
371 aa  562  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.66 
 
 
360 aa  562  1.0000000000000001e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.35 
 
 
356 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  76.52 
 
 
363 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  76.52 
 
 
363 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  70.62 
 
 
375 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.17 
 
 
355 aa  557  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  73.8 
 
 
358 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.17 
 
 
355 aa  557  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  76.88 
 
 
355 aa  555  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.72 
 
 
353 aa  553  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.36 
 
 
355 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.36 
 
 
355 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.36 
 
 
355 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.36 
 
 
355 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.52 
 
 
360 aa  550  1e-155  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.78 
 
 
355 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.62 
 
 
355 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  73.62 
 
 
355 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.44 
 
 
360 aa  546  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.91 
 
 
355 aa  546  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.62 
 
 
355 aa  543  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.26 
 
 
355 aa  541  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.62 
 
 
355 aa  544  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.33 
 
 
355 aa  541  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.49 
 
 
367 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.33 
 
 
355 aa  541  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.33 
 
 
355 aa  541  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.83 
 
 
355 aa  537  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  73.43 
 
 
360 aa  537  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.07 
 
 
353 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.12 
 
 
360 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.83 
 
 
360 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.68 
 
 
354 aa  531  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.36 
 
 
361 aa  527  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.87 
 
 
355 aa  527  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.84 
 
 
354 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.03 
 
 
358 aa  513  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.73 
 
 
363 aa  511  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.19 
 
 
355 aa  511  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.54 
 
 
360 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.23 
 
 
365 aa  501  1e-140  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.87 
 
 
350 aa  494  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.95 
 
 
367 aa  497  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.92 
 
 
367 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.36 
 
 
351 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.91 
 
 
355 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2242  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.93 
 
 
377 aa  486  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.87 
 
 
353 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.01 
 
 
363 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.64 
 
 
354 aa  482  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.54 
 
 
356 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.32 
 
 
356 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.32 
 
 
360 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.59 
 
 
356 aa  478  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.01 
 
 
358 aa  478  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
353 aa  475  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.17 
 
 
397 aa  477  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.1 
 
 
354 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.31 
 
 
356 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.32 
 
 
353 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  63.53 
 
 
354 aa  471  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
400 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
353 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.15 
 
 
354 aa  473  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
400 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.61 
 
 
353 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.72 
 
 
353 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.75 
 
 
360 aa  472  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
353 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
353 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.25 
 
 
355 aa  474  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
400 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.32 
 
 
353 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.04 
 
 
353 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>