More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0574 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
354 aa  733    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.71 
 
 
354 aa  585  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  74.58 
 
 
354 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.01 
 
 
354 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.08 
 
 
397 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.49 
 
 
353 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.78 
 
 
353 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.36 
 
 
353 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.49 
 
 
350 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
353 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
400 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.92 
 
 
353 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
400 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
400 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
353 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
353 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.86 
 
 
353 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
353 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.35 
 
 
353 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.35 
 
 
353 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.66 
 
 
353 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.35 
 
 
353 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.66 
 
 
353 aa  531  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.35 
 
 
353 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.35 
 
 
353 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.05 
 
 
356 aa  505  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.29 
 
 
356 aa  502  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.76 
 
 
353 aa  498  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.79 
 
 
366 aa  498  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.19 
 
 
355 aa  499  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.14 
 
 
360 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.9 
 
 
355 aa  494  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
352 aa  495  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.81 
 
 
353 aa  497  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66 
 
 
355 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.29 
 
 
353 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.57 
 
 
360 aa  491  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6725  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.42 
 
 
353 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.86 
 
 
356 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.29 
 
 
352 aa  489  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  65.43 
 
 
352 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  65.43 
 
 
352 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.64 
 
 
354 aa  487  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.86 
 
 
361 aa  487  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.71 
 
 
354 aa  484  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.43 
 
 
351 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.5 
 
 
366 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
366 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6255  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
353 aa  463  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849165  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.32 
 
 
357 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.14 
 
 
372 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.26 
 
 
361 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.71 
 
 
371 aa  446  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.43 
 
 
365 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.34 
 
 
359 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.81 
 
 
358 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.71 
 
 
365 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.43 
 
 
356 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.98 
 
 
361 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.7 
 
 
361 aa  439  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.77 
 
 
359 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.1 
 
 
351 aa  439  9.999999999999999e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.14 
 
 
367 aa  440  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  57.42 
 
 
361 aa  435  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  57.42 
 
 
361 aa  435  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.42 
 
 
361 aa  434  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.63 
 
 
355 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.23 
 
 
351 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.63 
 
 
355 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.63 
 
 
355 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.87 
 
 
362 aa  434  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
355 aa  435  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.63 
 
 
355 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.92 
 
 
359 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.63 
 
 
355 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.14 
 
 
361 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.14 
 
 
361 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.57 
 
 
356 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.14 
 
 
361 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.36 
 
 
359 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.14 
 
 
361 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
357 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.2 
 
 
355 aa  428  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.2 
 
 
355 aa  430  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
360 aa  428  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.62 
 
 
355 aa  428  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.82 
 
 
358 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.62 
 
 
355 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.24 
 
 
358 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.86 
 
 
361 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.94 
 
 
355 aa  428  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.2 
 
 
355 aa  428  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.94 
 
 
355 aa  428  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
355 aa  426  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  59.65 
 
 
355 aa  426  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.53 
 
 
358 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0195  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.28 
 
 
353 aa  426  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
360 aa  423  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.18 
 
 
360 aa  421  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.1 
 
 
360 aa  423  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>