More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2663 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  85.64 
 
 
371 aa  665    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  83.7 
 
 
356 aa  638    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  100 
 
 
362 aa  753    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  83.98 
 
 
356 aa  645    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  83.43 
 
 
365 aa  642    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  82.6 
 
 
359 aa  631  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  82.32 
 
 
359 aa  629  1e-179  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  82.04 
 
 
365 aa  628  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  83.15 
 
 
359 aa  630  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  80.94 
 
 
359 aa  621  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  79.36 
 
 
375 aa  620  1e-176  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  79.56 
 
 
358 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  76.97 
 
 
361 aa  585  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  76.97 
 
 
361 aa  585  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  76.12 
 
 
361 aa  585  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  76.12 
 
 
361 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.84 
 
 
361 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.56 
 
 
361 aa  578  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.84 
 
 
361 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.56 
 
 
361 aa  578  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.84 
 
 
361 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.84 
 
 
361 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  75.28 
 
 
361 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.77 
 
 
357 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.77 
 
 
358 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.09 
 
 
358 aa  564  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  74.09 
 
 
360 aa  565  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.93 
 
 
358 aa  560  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.09 
 
 
358 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.42 
 
 
352 aa  554  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.97 
 
 
360 aa  555  1e-157  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.88 
 
 
360 aa  556  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.78 
 
 
355 aa  551  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.51 
 
 
355 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.51 
 
 
355 aa  548  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.78 
 
 
355 aa  550  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  71.51 
 
 
355 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  72.4 
 
 
363 aa  550  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.78 
 
 
355 aa  550  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.78 
 
 
355 aa  550  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.51 
 
 
355 aa  548  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  72.4 
 
 
363 aa  550  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.31 
 
 
367 aa  541  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.8 
 
 
355 aa  542  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.22 
 
 
353 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.68 
 
 
355 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.68 
 
 
355 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.68 
 
 
355 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.68 
 
 
355 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  71.23 
 
 
355 aa  536  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
355 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.6 
 
 
361 aa  535  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.23 
 
 
355 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.59 
 
 
355 aa  531  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.14 
 
 
355 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.12 
 
 
365 aa  530  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.13 
 
 
360 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.03 
 
 
363 aa  525  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.58 
 
 
360 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.49 
 
 
355 aa  523  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.31 
 
 
354 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.7 
 
 
360 aa  513  1e-144  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.58 
 
 
353 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.49 
 
 
354 aa  503  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.86 
 
 
355 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.48 
 
 
360 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.44 
 
 
355 aa  490  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.72 
 
 
367 aa  478  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.77 
 
 
351 aa  474  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.09 
 
 
358 aa  473  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.26 
 
 
357 aa  473  1e-132  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.04 
 
 
367 aa  474  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2242  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.27 
 
 
377 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  63.2 
 
 
354 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.6 
 
 
358 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.08 
 
 
354 aa  465  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
354 aa  461  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.36 
 
 
350 aa  463  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.61 
 
 
356 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.83 
 
 
360 aa  458  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.97 
 
 
353 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.17 
 
 
354 aa  454  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.56 
 
 
354 aa  454  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.72 
 
 
363 aa  456  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.96 
 
 
353 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.96 
 
 
353 aa  457  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.67 
 
 
351 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
360 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
356 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.77 
 
 
355 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.41 
 
 
355 aa  457  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.95 
 
 
366 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.08 
 
 
353 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.23 
 
 
353 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.18 
 
 
352 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.08 
 
 
363 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.5 
 
 
352 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
352 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.39 
 
 
351 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3017  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.71 
 
 
340 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0758664 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>