More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2735 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  90.4 
 
 
354 aa  677    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  87.85 
 
 
354 aa  656    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
354 aa  737    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
400 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
400 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.25 
 
 
397 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
400 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
350 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
353 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.86 
 
 
353 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.43 
 
 
353 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.57 
 
 
353 aa  597  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.63 
 
 
353 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.49 
 
 
353 aa  593  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.43 
 
 
353 aa  589  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.14 
 
 
353 aa  584  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.86 
 
 
356 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.14 
 
 
353 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.14 
 
 
353 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  78.12 
 
 
353 aa  578  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  78.29 
 
 
356 aa  574  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.01 
 
 
354 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.86 
 
 
355 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  76.92 
 
 
352 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  76.92 
 
 
352 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.85 
 
 
353 aa  558  1e-158  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.14 
 
 
352 aa  556  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.14 
 
 
360 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.11 
 
 
366 aa  556  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.43 
 
 
355 aa  550  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.93 
 
 
353 aa  549  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.57 
 
 
360 aa  549  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.64 
 
 
354 aa  549  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.37 
 
 
356 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74 
 
 
361 aa  546  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.16 
 
 
354 aa  542  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.14 
 
 
355 aa  541  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.57 
 
 
352 aa  541  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.57 
 
 
351 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.98 
 
 
366 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.77 
 
 
366 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6725  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.73 
 
 
353 aa  519  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.57 
 
 
357 aa  511  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.63 
 
 
353 aa  513  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.14 
 
 
372 aa  494  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.5 
 
 
351 aa  482  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6255  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.86 
 
 
353 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.1 
 
 
358 aa  477  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.64 
 
 
358 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.47 
 
 
367 aa  475  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.34 
 
 
351 aa  476  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.8 
 
 
355 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.03 
 
 
361 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.8 
 
 
355 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.64 
 
 
357 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.8 
 
 
355 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.64 
 
 
371 aa  471  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.8 
 
 
355 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.8 
 
 
355 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  64.57 
 
 
365 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  65.71 
 
 
365 aa  473  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.75 
 
 
361 aa  468  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.45 
 
 
360 aa  469  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  64.29 
 
 
356 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.56 
 
 
355 aa  468  1.0000000000000001e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.95 
 
 
360 aa  468  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  62.75 
 
 
361 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  62.75 
 
 
361 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.46 
 
 
361 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.08 
 
 
362 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.75 
 
 
361 aa  467  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.37 
 
 
355 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.55 
 
 
355 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.68 
 
 
355 aa  462  1e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.55 
 
 
355 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  64.27 
 
 
355 aa  461  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.89 
 
 
359 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.08 
 
 
353 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.24 
 
 
352 aa  462  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.37 
 
 
355 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.08 
 
 
355 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.46 
 
 
362 aa  460  9.999999999999999e-129  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.793551  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.17 
 
 
359 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.78 
 
 
361 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.51 
 
 
353 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  64.37 
 
 
355 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.78 
 
 
361 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.78 
 
 
361 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.08 
 
 
355 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.78 
 
 
361 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0195  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
353 aa  458  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.51 
 
 
358 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.39 
 
 
355 aa  461  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.08 
 
 
355 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.65 
 
 
358 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>