More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3502 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
363 aa  753    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.05 
 
 
356 aa  536  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.14 
 
 
353 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.29 
 
 
353 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.29 
 
 
353 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.18 
 
 
353 aa  511  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.14 
 
 
355 aa  508  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.47 
 
 
355 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.47 
 
 
355 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.47 
 
 
355 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.47 
 
 
355 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
355 aa  508  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
355 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.2 
 
 
355 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  68.18 
 
 
355 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
355 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.47 
 
 
355 aa  507  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.9 
 
 
355 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.2 
 
 
355 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  66.48 
 
 
355 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.47 
 
 
355 aa  507  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
355 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.91 
 
 
355 aa  501  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
355 aa  503  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.62 
 
 
355 aa  499  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.29 
 
 
354 aa  500  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.43 
 
 
360 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66 
 
 
360 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.46 
 
 
355 aa  495  1e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  65.43 
 
 
363 aa  496  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.84 
 
 
367 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  65.43 
 
 
363 aa  496  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.38 
 
 
351 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.75 
 
 
355 aa  489  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.19 
 
 
355 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.1 
 
 
360 aa  490  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.38 
 
 
351 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.43 
 
 
358 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.72 
 
 
358 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  67.05 
 
 
352 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.1 
 
 
351 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.28 
 
 
352 aa  481  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.01 
 
 
358 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64 
 
 
352 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.96 
 
 
356 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.61 
 
 
360 aa  482  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
352 aa  481  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.6 
 
 
365 aa  478  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.51 
 
 
359 aa  478  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.67 
 
 
359 aa  478  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.84 
 
 
358 aa  475  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.66 
 
 
353 aa  476  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.97 
 
 
357 aa  474  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.48 
 
 
360 aa  476  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.85 
 
 
361 aa  474  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.22 
 
 
365 aa  477  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.92 
 
 
358 aa  476  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.34 
 
 
354 aa  476  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.75 
 
 
365 aa  476  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.04 
 
 
358 aa  473  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.92 
 
 
356 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.33 
 
 
371 aa  474  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1071  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.84 
 
 
348 aa  468  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.8 
 
 
356 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.67 
 
 
359 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.14 
 
 
360 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.4 
 
 
359 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
355 aa  468  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.78 
 
 
361 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  62.5 
 
 
361 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.04 
 
 
375 aa  461  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.18 
 
 
350 aa  462  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.08 
 
 
397 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.78 
 
 
361 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.84 
 
 
363 aa  464  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  62.5 
 
 
361 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.87 
 
 
367 aa  462  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
400 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
353 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
353 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
353 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
400 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.82 
 
 
360 aa  460  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.65 
 
 
361 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.94 
 
 
362 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.65 
 
 
361 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
400 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.07 
 
 
361 aa  461  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.22 
 
 
361 aa  456  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.34 
 
 
358 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.65 
 
 
361 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.5 
 
 
353 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.65 
 
 
361 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4335  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
349 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.796314  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.33 
 
 
353 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.4 
 
 
350 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.08 
 
 
361 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.74 
 
 
354 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
349 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.83 
 
 
354 aa  451  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>