More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3582 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3582  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
342 aa  712    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.95 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.39 
 
 
367 aa  440  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.19 
 
 
358 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.49 
 
 
358 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
360 aa  428  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.3 
 
 
358 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.29 
 
 
353 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.24 
 
 
358 aa  426  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.63 
 
 
353 aa  424  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.72 
 
 
367 aa  424  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.47 
 
 
350 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.93 
 
 
353 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60 
 
 
357 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.66 
 
 
351 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.23 
 
 
353 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.1 
 
 
354 aa  422  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  59.88 
 
 
354 aa  418  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
360 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
360 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4335  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.35 
 
 
349 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.796314  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.63 
 
 
353 aa  418  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.94 
 
 
365 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.64 
 
 
349 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
353 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4187  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
344 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.63 
 
 
350 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.59 
 
 
354 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
353 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2379  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.46 
 
 
349 aa  418  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577133  hitchhiker  0.00102073 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
353 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.76 
 
 
358 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  58.96 
 
 
361 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.96 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  58.94 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.98 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  58.96 
 
 
361 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
350 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.1 
 
 
353 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.35 
 
 
346 aa  417  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.52 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.4 
 
 
353 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  58.94 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.98 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.99 
 
 
353 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.59 
 
 
359 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  61.68 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.36 
 
 
355 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.38 
 
 
361 aa  411  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.53 
 
 
353 aa  412  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 
400 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.65 
 
 
355 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 
353 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 
353 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 
353 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.94 
 
 
354 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.59 
 
 
360 aa  414  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 
400 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
353 aa  413  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 
400 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.99 
 
 
352 aa  412  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.99 
 
 
357 aa  411  1e-114  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.04 
 
 
397 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.74 
 
 
356 aa  411  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.93 
 
 
353 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.93 
 
 
353 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  58.26 
 
 
352 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 
353 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.68 
 
 
371 aa  411  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.36 
 
 
351 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.65 
 
 
355 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.38 
 
 
361 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3167  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.27 
 
 
343 aa  408  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.51 
 
 
356 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
355 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 
354 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.51 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.85 
 
 
360 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.4 
 
 
353 aa  409  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.62 
 
 
358 aa  408  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.66 
 
 
360 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.51 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2352  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.86 
 
 
352 aa  409  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
355 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.51 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.98 
 
 
358 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.51 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.59 
 
 
359 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.36 
 
 
360 aa  408  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.23 
 
 
365 aa  408  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.77 
 
 
352 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.59 
 
 
359 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.38 
 
 
361 aa  410  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.47 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.76 
 
 
351 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>