More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4187 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4187  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
344 aa  718    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.5 
 
 
351 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
355 aa  459  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  60.77 
 
 
352 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.83 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
352 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.95 
 
 
355 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.7 
 
 
350 aa  438  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.77 
 
 
357 aa  439  9.999999999999999e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.36 
 
 
355 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.87 
 
 
355 aa  437  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  60.47 
 
 
355 aa  438  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.95 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.47 
 
 
355 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  61.65 
 
 
355 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.47 
 
 
355 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  60.6 
 
 
363 aa  434  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.47 
 
 
358 aa  436  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.24 
 
 
358 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.13 
 
 
361 aa  435  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  60.6 
 
 
363 aa  434  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.49 
 
 
352 aa  434  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.65 
 
 
355 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
361 aa  432  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.71 
 
 
361 aa  431  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.7 
 
 
353 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
355 aa  431  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.18 
 
 
355 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.58 
 
 
367 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.24 
 
 
351 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.23 
 
 
360 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60 
 
 
361 aa  430  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.12 
 
 
363 aa  429  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
358 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.95 
 
 
351 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  58.55 
 
 
361 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.52 
 
 
355 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.93 
 
 
353 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  58.55 
 
 
361 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
354 aa  426  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
357 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.02 
 
 
365 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.51 
 
 
358 aa  424  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.03 
 
 
371 aa  421  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.23 
 
 
360 aa  424  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.31 
 
 
367 aa  424  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.31 
 
 
365 aa  424  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
356 aa  423  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4812  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.94 
 
 
355 aa  420  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3582  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
342 aa  418  1e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.73 
 
 
358 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.06 
 
 
355 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.48 
 
 
353 aa  418  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.23 
 
 
359 aa  418  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.18 
 
 
360 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.94 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.94 
 
 
353 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.95 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.77 
 
 
352 aa  414  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.94 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.4 
 
 
358 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.65 
 
 
361 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1071  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
348 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.52 
 
 
359 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
360 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.85 
 
 
356 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.65 
 
 
361 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.65 
 
 
361 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.65 
 
 
361 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3054  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.93 
 
 
350 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.52 
 
 
359 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
353 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.89 
 
 
359 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  59.1 
 
 
354 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.97 
 
 
356 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.59 
 
 
360 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.4 
 
 
354 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.21 
 
 
356 aa  408  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.13 
 
 
353 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.13 
 
 
352 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.43 
 
 
358 aa  410  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.39 
 
 
363 aa  410  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.74 
 
 
354 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.06 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.06 
 
 
353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
400 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.01 
 
 
397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
400 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.02 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.17 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>