More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3357 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
322 aa  647    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  97.52 
 
 
322 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  92.65 
 
 
323 aa  558  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  91.75 
 
 
321 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  91.75 
 
 
321 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  91.43 
 
 
321 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  86.07 
 
 
324 aa  522  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  70.72 
 
 
322 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  70.72 
 
 
322 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  70.72 
 
 
322 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  70.06 
 
 
322 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  72.85 
 
 
338 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  72.85 
 
 
338 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  72.85 
 
 
338 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.29 
 
 
305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.15 
 
 
305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  56.38 
 
 
297 aa  323  3e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.85 
 
 
298 aa  318  5e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.85 
 
 
296 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.85 
 
 
296 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  54.82 
 
 
298 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.03 
 
 
298 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.67 
 
 
296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.84 
 
 
297 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.33 
 
 
304 aa  298  1e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  50.33 
 
 
304 aa  298  1e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.16 
 
 
303 aa  282  7.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.42 
 
 
303 aa  277  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  47.42 
 
 
303 aa  276  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.49 
 
 
300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.84 
 
 
288 aa  266  4e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.97 
 
 
288 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.18 
 
 
290 aa  255  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.78 
 
 
291 aa  252  7e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.53 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 
295 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.91 
 
 
266 aa  238  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  35.69 
 
 
304 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
303 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.39 
 
 
315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  35.31 
 
 
303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
326 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.28 
 
 
342 aa  155  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.07 
 
 
294 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
294 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
319 aa  143  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.23 
 
 
308 aa  142  6e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  34.38 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
338 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
324 aa  123  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
313 aa  123  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
322 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
320 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.56 
 
 
323 aa  113  5e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.25 
 
 
323 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.53 
 
 
322 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.18 
 
 
344 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.82 
 
 
345 aa  107  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
326 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
314 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
326 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
326 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  31.76 
 
 
318 aa  104  3e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
322 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
281 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.12 
 
 
328 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.5 
 
 
326 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
326 aa  103  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.45 
 
 
343 aa  102  6e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
413 aa  102  8e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.06 
 
 
340 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
411 aa  101  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13001  putative GDP-D-mannose dehydratase  28.03 
 
 
322 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.92 
 
 
340 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
334 aa  100  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.16038  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
315 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
326 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
353 aa  99.8  5e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.25 
 
 
333 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.75 
 
 
340 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.78 
 
 
335 aa  99  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.89 
 
 
320 aa  99  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1486  UDP-glucose 4-epimerase  31.15 
 
 
321 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00392704  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1573  UDP-galactose 4-epimerase  26.25 
 
 
328 aa  97.8  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.52654e-16 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.78 
 
 
327 aa  98.2  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
329 aa  98.2  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
327 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
306 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
312 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.86 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.33 
 
 
333 aa  96.7  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
306 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>