More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2184 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 320 aa  657    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.3 
 
 		 334 aa  316  3e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.06 
 
 		 330 aa  315  9e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.06 
 
 		 322 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 		 319 aa  307  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.45 
 
 		 327 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2945  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.2 
 
 		 329 aa  301  7.000000000000001e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.791043 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.67 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.38 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.67 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.67 
 
 		 321 aa  299  4e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.25 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.25 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.16 
 
 		 328 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.65 
 
 		 327 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.97 
 
 		 368 aa  295  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3801  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.48 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.65 
 
 		 368 aa  292  6e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.18 
 
 		 348 aa  291  8e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.94 
 
 		 346 aa  291  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  43.28 
 
 		 373 aa  290  2e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.71 
 
 		 345 aa  290  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.99 
 
 		 328 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.85 
 
 		 327 aa  289  4e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.75 
 
 		 344 aa  289  4e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.99 
 
 		 346 aa  288  8e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.86 
 
 		 344 aa  286  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.12 
 
 		 357 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.28 
 
 		 346 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 		 320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.99 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1105  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.87 
 
 		 331 aa  285  5e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.05 
 
 		 344 aa  285  9e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.34 
 
 		 343 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.99 
 
 		 346 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.48 
 
 		 351 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.94 
 
 		 343 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.16 
 
 		 323 aa  281  8.000000000000001e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.49 
 
 		 344 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1968  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.96 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1053  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.51 
 
 		 333 aa  280  2e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1307  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.51 
 
 		 363 aa  280  2e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.111837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.45 
 
 		 344 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.35 
 
 		 345 aa  280  3e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  42.04 
 
 		 355 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.59 
 
 		 353 aa  280  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.56 
 
 		 344 aa  278  7e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.48 
 
 		 328 aa  278  8e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.54 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.09 
 
 		 346 aa  277  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.64 
 
 		 345 aa  277  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.54 
 
 		 339 aa  277  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  42.09 
 
 		 346 aa  277  2e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.54 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.54 
 
 		 339 aa  277  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.96 
 
 		 372 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.96 
 
 		 372 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.72 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  39.83 
 
 		 373 aa  276  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.69 
 
 		 329 aa  275  6e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 		 336 aa  274  1.0000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.977894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.72 
 
 		 323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.83 
 
 		 347 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.99 
 
 		 347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.92 
 
 		 348 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.41 
 
 		 323 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5498  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.01 
 
 		 329 aa  274  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.0182886 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.32 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.92 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1552  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.45 
 
 		 324 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.717639 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.42 
 
 		 349 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.98 
 
 		 360 aa  272  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.41 
 
 		 348 aa  272  5.000000000000001e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  42.41 
 
 		 348 aa  272  5.000000000000001e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.59 
 
 		 338 aa  272  7e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.32 
 
 		 348 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.32 
 
 		 348 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.32 
 
 		 348 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.27 
 
 		 380 aa  271  1e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00720  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.68 
 
 		 331 aa  270  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.240367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.72 
 
 		 347 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40 
 
 		 369 aa  269  5.9999999999999995e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11545  GDP-D-mannose dehydratase gmdA  40.81 
 
 		 340 aa  268  7e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.48 
 
 		 347 aa  268  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.3 
 
 		 362 aa  268  8.999999999999999e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40.41 
 
 		 363 aa  268  8.999999999999999e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.02 
 
 		 347 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.02 
 
 		 347 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.02 
 
 		 347 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.02 
 
 		 347 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.02 
 
 		 347 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.01 
 
 		 335 aa  268  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.17 
 
 		 327 aa  267  1e-70  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000104251 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.02 
 
 		 347 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.02 
 
 		 347 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25417  gdp-mannose 4,6-dehydratase  39.77 
 
 		 363 aa  266  2e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.807653  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.36 
 
 		 362 aa  266  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4754  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.61 
 
 		 350 aa  266  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  39.3 
 
 		 353 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  40 
 
 		 364 aa  266  4e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>