More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4076 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
306 aa  612  9.999999999999999e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.28 
 
 
322 aa  178  8e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
320 aa  176  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
294 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.54 
 
 
294 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 
342 aa  169  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
321 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.71 
 
 
334 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.77 
 
 
319 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 
319 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  33.77 
 
 
303 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  33.65 
 
 
304 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 
308 aa  145  6e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.87 
 
 
315 aa  145  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  31.35 
 
 
337 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  31.35 
 
 
337 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  31.35 
 
 
337 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  31.35 
 
 
337 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  31.35 
 
 
337 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  31.35 
 
 
337 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
322 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  31.03 
 
 
337 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.19 
 
 
322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3850  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  28.99 
 
 
303 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  31.11 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1448  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  29.61 
 
 
303 aa  126  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000898227 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
298 aa  125  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  32.9 
 
 
319 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
297 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
327 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  33.97 
 
 
322 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.97 
 
 
322 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
290 aa  109  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.97 
 
 
322 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
306 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.08 
 
 
295 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.38 
 
 
315 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  32.81 
 
 
322 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
314 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.61 
 
 
344 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  33.67 
 
 
338 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
328 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
303 aa  104  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  33.67 
 
 
338 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  33.67 
 
 
338 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  34.21 
 
 
297 aa  103  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 
326 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
303 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  28.89 
 
 
328 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.99 
 
 
343 aa  103  5e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.08 
 
 
323 aa  103  5e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
288 aa  103  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
411 aa  102  6e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
288 aa  102  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.83 
 
 
345 aa  102  7e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
413 aa  102  7e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
317 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.92 
 
 
323 aa  101  1e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  31.44 
 
 
317 aa  102  1e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
308 aa  101  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1427  UDP-glucose 4-epimerase  30.25 
 
 
337 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.60129 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  31.23 
 
 
303 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
333 aa  100  5e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
296 aa  99.8  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
296 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
296 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1847  UDP-glucose 4-epimerase  29.3 
 
 
317 aa  98.2  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.336736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
334 aa  97.8  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
327 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.66 
 
 
298 aa  96.7  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
299 aa  97.1  4e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
301 aa  96.7  5e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.22 
 
 
370 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
322 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.93 
 
 
370 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
322 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1609  UDP-glucose 4-epimerase  29.81 
 
 
337 aa  95.5  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  29.75 
 
 
329 aa  95.5  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
321 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
321 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
321 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.44 
 
 
346 aa  94.7  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
368 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.207226 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.11 
 
 
307 aa  95.5  1e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
309 aa  94.4  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
310 aa  94.4  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
417 aa  94.7  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  29.26 
 
 
332 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
409 aa  94.4  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
324 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
298 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>