More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1646 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
326 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.89 
 
 
327 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.19 
 
 
314 aa  292  6e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.84 
 
 
298 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.25 
 
 
342 aa  195  9e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
338 aa  187  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
322 aa  186  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
315 aa  177  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.2 
 
 
319 aa  170  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.92 
 
 
319 aa  168  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.31 
 
 
324 aa  159  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
326 aa  159  8e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  35.94 
 
 
319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 
294 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.05 
 
 
294 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  32.39 
 
 
304 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
303 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  31.85 
 
 
303 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
322 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.58 
 
 
315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  29.15 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  29.15 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  29.15 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  29.15 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  29.15 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  29.15 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.04 
 
 
298 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  34.89 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  28.86 
 
 
337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 
308 aa  126  6e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.82 
 
 
322 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
290 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
321 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
334 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
306 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  32.52 
 
 
304 aa  114  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.87 
 
 
304 aa  114  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  30.82 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
298 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  30.74 
 
 
317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.36 
 
 
303 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
296 aa  106  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
288 aa  106  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
340 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
303 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
303 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  31.68 
 
 
322 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.68 
 
 
322 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.68 
 
 
322 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  33.57 
 
 
338 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  33.57 
 
 
338 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  33.57 
 
 
338 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
305 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
295 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
332 aa  97.8  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  32.11 
 
 
322 aa  97.4  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
288 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.81 
 
 
343 aa  97.1  4e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
297 aa  95.9  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.73 
 
 
344 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
328 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  31.94 
 
 
297 aa  94  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
296 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
296 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
305 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.16 
 
 
345 aa  91.3  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 
266 aa  89.4  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
334 aa  89.4  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.01 
 
 
335 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.72 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
326 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
326 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
291 aa  87.4  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.04 
 
 
328 aa  87.4  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.39 
 
 
333 aa  87.8  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 
334 aa  87  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
323 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
336 aa  86.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.76 
 
 
302 aa  85.9  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
326 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
301 aa  85.5  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.18 
 
 
335 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.1 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
322 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.1 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
324 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 
322 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.33 
 
 
335 aa  83.6  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3850  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  25.71 
 
 
303 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
334 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.78 
 
 
336 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1448  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  24.13 
 
 
303 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000898227 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  29.52 
 
 
308 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.23 
 
 
335 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>