More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3655 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
321 aa  654    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.34 
 
 
334 aa  603  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.73 
 
 
322 aa  490  1e-137  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.3 
 
 
320 aa  465  9.999999999999999e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  39.94 
 
 
337 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  39.94 
 
 
337 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  39.94 
 
 
337 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  39.94 
 
 
337 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  39.94 
 
 
337 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  39.94 
 
 
337 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  39.94 
 
 
337 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.38 
 
 
324 aa  238  6.999999999999999e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  40.13 
 
 
318 aa  220  3e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  37.82 
 
 
317 aa  203  3e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
326 aa  198  9e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 
319 aa  195  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.33 
 
 
319 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.53 
 
 
343 aa  194  2e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.19 
 
 
294 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
294 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.73 
 
 
345 aa  187  2e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.53 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  35.45 
 
 
319 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
342 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  35.69 
 
 
323 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.73 
 
 
360 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.7 
 
 
370 aa  166  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  34.47 
 
 
401 aa  165  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  31.96 
 
 
304 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.38 
 
 
342 aa  165  8e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.39 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.09 
 
 
373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.74 
 
 
360 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
315 aa  164  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  35.33 
 
 
330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.24 
 
 
364 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.79 
 
 
367 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  33.82 
 
 
361 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.24 
 
 
371 aa  162  6e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.06 
 
 
361 aa  162  7e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  35.47 
 
 
324 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13001  putative GDP-D-mannose dehydratase  31.76 
 
 
322 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.16 
 
 
367 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.46 
 
 
359 aa  161  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.94 
 
 
360 aa  161  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.44 
 
 
342 aa  161  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.52 
 
 
370 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14441  gdpmannose 4,6-dehydratase  29.77 
 
 
364 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.327555  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.63 
 
 
359 aa  161  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.12 
 
 
370 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.61 
 
 
373 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.61 
 
 
373 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  34.68 
 
 
303 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.16 
 
 
369 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.48 
 
 
372 aa  160  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.81 
 
 
375 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.18 
 
 
361 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.81 
 
 
360 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  31.62 
 
 
372 aa  159  7e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.79 
 
 
372 aa  159  9e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.92 
 
 
323 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.45 
 
 
354 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.9 
 
 
328 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
373 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.72 
 
 
368 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.45 
 
 
354 aa  157  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.47 
 
 
373 aa  157  3e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.95 
 
 
367 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.83 
 
 
362 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.56 
 
 
360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
298 aa  155  7e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.56 
 
 
360 aa  155  8e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
306 aa  155  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.94 
 
 
361 aa  155  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.28 
 
 
327 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  29.31 
 
 
370 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.82 
 
 
348 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  32.82 
 
 
348 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.64 
 
 
362 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30 
 
 
339 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.59 
 
 
368 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.84 
 
 
367 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.14 
 
 
365 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.88 
 
 
372 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  28.99 
 
 
368 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.52 
 
 
362 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.92 
 
 
397 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.86 
 
 
368 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4001  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.45 
 
 
378 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.13 
 
 
328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.89 
 
 
373 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.49 
 
 
327 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.43 
 
 
361 aa  153  4e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.14 
 
 
363 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.43 
 
 
328 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.86 
 
 
351 aa  153  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.11 
 
 
375 aa  152  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>