More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1800 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  100 
 
 
298 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.2 
 
 
298 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.95 
 
 
298 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.87 
 
 
296 aa  415  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.81 
 
 
304 aa  348  7e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  57.81 
 
 
304 aa  347  1e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.28 
 
 
305 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.12 
 
 
305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.12 
 
 
297 aa  323  3e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.82 
 
 
296 aa  318  9e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.82 
 
 
296 aa  318  9e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.24 
 
 
300 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  53.95 
 
 
322 aa  310  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.95 
 
 
322 aa  310  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.95 
 
 
322 aa  310  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  53.77 
 
 
322 aa  310  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  54.3 
 
 
297 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.81 
 
 
323 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.71 
 
 
303 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  51.35 
 
 
303 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  54.55 
 
 
338 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  54.55 
 
 
338 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  54.55 
 
 
338 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.82 
 
 
321 aa  295  6e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.82 
 
 
321 aa  295  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.82 
 
 
321 aa  295  6e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.82 
 
 
322 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.15 
 
 
322 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.49 
 
 
324 aa  292  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.6 
 
 
303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.06 
 
 
288 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.17 
 
 
288 aa  275  7e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.74 
 
 
266 aa  268  7e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.46 
 
 
290 aa  266  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.46 
 
 
295 aa  265  8e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 
292 aa  264  1e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.76 
 
 
291 aa  251  1e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
315 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
303 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.09 
 
 
342 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  34.1 
 
 
304 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  32.46 
 
 
303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.32 
 
 
294 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.32 
 
 
294 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
319 aa  135  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
326 aa  132  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.04 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
322 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
338 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 
298 aa  122  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  31.75 
 
 
319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.58 
 
 
326 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
315 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
314 aa  107  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
413 aa  105  6e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
411 aa  105  1e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
417 aa  104  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
340 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.37 
 
 
371 aa  102  5e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.6 
 
 
342 aa  102  6e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 
326 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
334 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
281 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 
326 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  31.23 
 
 
329 aa  100  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
331 aa  100  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
334 aa  99.4  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  29.13 
 
 
327 aa  99.4  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
336 aa  99  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
333 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
326 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
329 aa  97.8  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.28 
 
 
333 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.2 
 
 
354 aa  97.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
326 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00720  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.72 
 
 
331 aa  96.7  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.240367 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 
314 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
322 aa  95.9  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  29.81 
 
 
328 aa  95.9  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.74 
 
 
367 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
317 aa  95.9  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  29.97 
 
 
373 aa  95.1  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
371 aa  94.7  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.66 
 
 
323 aa  94.4  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  25.91 
 
 
339 aa  94.4  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.59 
 
 
356 aa  93.6  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
320 aa  94  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.13 
 
 
335 aa  94  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.33 
 
 
323 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  27.14 
 
 
356 aa  93.6  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.24 
 
 
371 aa  93.6  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.54 
 
 
344 aa  93.2  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.32 
 
 
363 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.87 
 
 
327 aa  92.8  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>