More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0560 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
288 aa  590  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.73 
 
 
295 aa  424  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.4 
 
 
290 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.8 
 
 
288 aa  347  1e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  53.06 
 
 
298 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.36 
 
 
298 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.66 
 
 
303 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.86 
 
 
298 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.85 
 
 
305 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  47.99 
 
 
303 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.14 
 
 
296 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.49 
 
 
305 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.49 
 
 
296 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.49 
 
 
296 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  47.51 
 
 
304 aa  263  3e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.18 
 
 
291 aa  262  4.999999999999999e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.14 
 
 
300 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.84 
 
 
304 aa  259  4e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.47 
 
 
297 aa  258  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  48.47 
 
 
297 aa  258  9e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.83 
 
 
303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  47.67 
 
 
322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.67 
 
 
322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.67 
 
 
322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  47 
 
 
322 aa  249  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  48.75 
 
 
338 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  48.75 
 
 
338 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  48.75 
 
 
338 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.84 
 
 
322 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.84 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.52 
 
 
292 aa  242  6e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.01 
 
 
323 aa  241  9e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.84 
 
 
321 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.84 
 
 
321 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.37 
 
 
321 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.52 
 
 
324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.59 
 
 
266 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.92 
 
 
326 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  38.24 
 
 
303 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  37.36 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.59 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
319 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.88 
 
 
308 aa  137  2e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
324 aa  129  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
315 aa  129  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.74 
 
 
323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 
338 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.77 
 
 
323 aa  119  7.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
326 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
326 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  30.03 
 
 
319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
336 aa  109  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
334 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
326 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
313 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
340 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
329 aa  102  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
322 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
322 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
326 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.03 
 
 
322 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
323 aa  99.8  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
326 aa  99.8  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
334 aa  99  7e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.99 
 
 
335 aa  98.6  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
281 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
333 aa  97.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 
321 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5661  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
329 aa  97.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
306 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
326 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
335 aa  95.5  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
334 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  29.9 
 
 
329 aa  93.6  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  29.49 
 
 
318 aa  93.2  5e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
336 aa  92.8  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
314 aa  92.8  7e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.17 
 
 
335 aa  91.3  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.65 
 
 
328 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1089  UDP-glucose 4-epimerase  29.14 
 
 
323 aa  90.9  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
413 aa  91.3  2e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
308 aa  90.5  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
411 aa  90.1  4e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 
320 aa  89.7  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
333 aa  89.7  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
311 aa  89.4  6e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.6 
 
 
333 aa  87.8  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.66 
 
 
303 aa  87.4  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  27.81 
 
 
328 aa  87.4  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1448  UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-hexulose 4-reductase  27.91 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000898227 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  37.14 
 
 
329 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
406 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
331 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  29.1 
 
 
316 aa  86.7  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4211  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.06 
 
 
331 aa  86.3  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.315212 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>