More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0760 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
305 aa  614  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.86 
 
 
305 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.67 
 
 
296 aa  344  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.59 
 
 
297 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  57.48 
 
 
322 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  57.48 
 
 
322 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  57.48 
 
 
322 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  59.25 
 
 
297 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  56.35 
 
 
322 aa  334  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.04 
 
 
296 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.04 
 
 
296 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.48 
 
 
298 aa  331  8e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.42 
 
 
298 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  55.12 
 
 
298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  58.51 
 
 
338 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  58.51 
 
 
338 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.95 
 
 
323 aa  321  7e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  58.51 
 
 
338 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  54.24 
 
 
304 aa  321  9.999999999999999e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.56 
 
 
304 aa  316  2e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.62 
 
 
322 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.91 
 
 
324 aa  316  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.29 
 
 
322 aa  314  9e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.72 
 
 
321 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.72 
 
 
321 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.08 
 
 
321 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.1 
 
 
303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 
292 aa  295  5e-79  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  49.17 
 
 
303 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.67 
 
 
300 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.48 
 
 
303 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.85 
 
 
288 aa  277  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.46 
 
 
288 aa  277  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.55 
 
 
291 aa  276  3e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.8 
 
 
290 aa  266  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.49 
 
 
295 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.62 
 
 
266 aa  252  6e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  36.58 
 
 
304 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
326 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.8 
 
 
308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  34.01 
 
 
303 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.91 
 
 
294 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
294 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
319 aa  132  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  31.41 
 
 
319 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
324 aa  126  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
338 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
315 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
320 aa  113  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
321 aa  112  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
326 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
334 aa  110  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  32.48 
 
 
318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.94 
 
 
323 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
314 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.94 
 
 
323 aa  106  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
334 aa  107  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
281 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.18 
 
 
322 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
326 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
322 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13001  putative GDP-D-mannose dehydratase  27.24 
 
 
322 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
322 aa  100  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
323 aa  99.8  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
334 aa  99.4  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
326 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.16 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.99 
 
 
328 aa  97.4  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
306 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.76 
 
 
333 aa  95.9  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
333 aa  95.5  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 
326 aa  95.5  9e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
411 aa  95.5  1e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
316 aa  95.5  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
336 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
413 aa  95.1  1e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.3 
 
 
327 aa  94.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
333 aa  93.2  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
364 aa  92.8  7e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.848002 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
318 aa  92.4  8e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
306 aa  92.4  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
336 aa  92.4  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
337 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.586684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
314 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
337 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.550526 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.9 
 
 
326 aa  92  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  27.9 
 
 
337 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.65 
 
 
346 aa  91.3  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  27.9 
 
 
337 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.51 
 
 
344 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 
320 aa  91.3  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  27.9 
 
 
337 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  27.9 
 
 
337 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>