More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1609 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1597  UDP-glucose 4-epimerase  92.88 
 
 		 337 aa  645    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.903427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1609  UDP-glucose 4-epimerase  100 
 
 		 337 aa  688    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1427  UDP-glucose 4-epimerase  81.9 
 
 		 337 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.60129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4513  UDP-glucose 4-epimerase  81.9 
 
 		 337 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  79.23 
 
 		 336 aa  548  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  78.34 
 
 		 336 aa  541  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  75.61 
 
 		 337 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  60.06 
 
 		 329 aa  410  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3065  UDP-glucose 4-epimerase  59.88 
 
 		 328 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0040  UDP-glucose 4-epimerase  59.57 
 
 		 330 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1175  UDP-glucose 4-epimerase  59.57 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1806  UDP-glucose 4-epimerase  58.66 
 
 		 330 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.217645 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5062  UDP-glucose 4-epimerase  59.19 
 
 		 327 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1866  UDP-glucose 4-epimerase  56.97 
 
 		 330 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3275  UDP-galactose 4-epimerase  59.57 
 
 		 333 aa  382  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3471  UDP-glucose 4-epimerase  57.14 
 
 		 330 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4439  UDP-glucose 4-epimerase  57.63 
 
 		 332 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3597  UDP-glucose 4-epimerase  56.23 
 
 		 330 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.55309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3273  UDP-glucose 4-epimerase  55.93 
 
 		 330 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.779876  normal  0.995045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2978  UDP-galactose 4-epimerase  59.15 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4998  UDP-glucose 4-epimerase  56.48 
 
 		 330 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.163773  normal  0.0224202 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1012  UDP-glucose 4-epimerase  57.32 
 
 		 327 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2340  UDP-glucose 4-epimerase  56.48 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.169139  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  55.42 
 
 		 331 aa  364  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0168  UDP-glucose 4-epimerase  54.01 
 
 		 342 aa  363  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.566405 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3696  UDP-glucose 4-epimerase  55.62 
 
 		 329 aa  363  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0207521 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  56.83 
 
 		 327 aa  362  7.0000000000000005e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1115  UDP-glucose 4-epimerase  56.39 
 
 		 326 aa  361  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423931  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0255  UDP-glucose 4-epimerase  55.45 
 
 		 344 aa  361  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  54.01 
 
 		 338 aa  359  3e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0227  UDP-glucose 4-epimerase  54.83 
 
 		 344 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2451  UDP-glucose 4-epimerase  55.38 
 
 		 341 aa  350  2e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0563953  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  55.73 
 
 		 326 aa  348  8e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2329  UDP-galactose 4-epimerase  56.04 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00335064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  53.17 
 
 		 329 aa  344  1e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  53.37 
 
 		 329 aa  343  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1573  UDP-glucose 4-epimerase  52.63 
 
 		 328 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.95776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  51.94 
 
 		 337 aa  336  2.9999999999999997e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4679  UDP-glucose 4-epimerase  53.25 
 
 		 338 aa  336  3.9999999999999995e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.60579 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1711  UDP-glucose 4-epimerase  48.94 
 
 		 329 aa  335  7e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0857741  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2493  UDP-glucose 4-epimerase  51.08 
 
 		 350 aa  334  1e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0529  UDP-glucose 4-epimerase  47.21 
 
 		 341 aa  332  4e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00475144  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0489  UDP-glucose 4-epimerase  50.93 
 
 		 332 aa  332  6e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2973  UDP-glucose 4-epimerase  51.85 
 
 		 331 aa  329  3e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0877  UDP-glucose 4-epimerase  52.63 
 
 		 330 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3795  UDP-glucose 4-epimerase  51.4 
 
 		 353 aa  326  3e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1618  UDP-galactose 4-epimerase  53.19 
 
 		 350 aa  323  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1486  UDP-galactose 4-epimerase  52.32 
 
 		 330 aa  320  3e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.608224 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1047  UDP-galactose 4-epimerase  50.63 
 
 		 336 aa  314  9.999999999999999e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240501 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  46.95 
 
 		 329 aa  309  4e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0186  UDP-galactose 4-epimerase  46.39 
 
 		 354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.347724  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0320  UDP-galactose 4-epimerase  46.44 
 
 		 332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  49.7 
 
 		 334 aa  300  3e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0464  UDP-glucose 4-epimerase  47.42 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0781477  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1923  UDP-glucose 4-epimerase  45.48 
 
 		 331 aa  295  1e-78  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  51.41 
 
 		 322 aa  294  1e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  43.96 
 
 		 332 aa  294  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  43.96 
 
 		 332 aa  294  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4827  UDP-glucose 4-epimerase  45.48 
 
 		 329 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.321852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1224  UDP-glucose 4-epimerase  45.9 
 
 		 328 aa  292  4e-78  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00236591  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1662  UDP-glucose 4-epimerase  43.3 
 
 		 330 aa  293  4e-78  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4279  UDP-galactose 4-epimerase  43.03 
 
 		 333 aa  292  5e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.277879  normal  0.0248708 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  43.9 
 
 		 328 aa  292  6e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0590  UDP-glucose 4-epimerase  44.82 
 
 		 328 aa  292  7e-78  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0368  UDP-glucose 4-epimerase  45 
 
 		 323 aa  291  1e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1957  UDP-galactose 4-epimerase  43.96 
 
 		 332 aa  290  2e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.880811  normal  0.626313 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1148  UDP-glucose 4-epimerase  44.21 
 
 		 328 aa  289  5.0000000000000004e-77  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.602539  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1081  UDP-glucose 4-epimerase  43.65 
 
 		 321 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000142619  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0339  UDP-galactose 4-epimerase  45.31 
 
 		 331 aa  288  6e-77  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1369  UDP-glucose 4-epimerase  45.17 
 
 		 333 aa  288  8e-77  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1273  UDP-glucose 4-epimerase  43.9 
 
 		 328 aa  288  1e-76  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  43.61 
 
 		 326 aa  287  2e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4455  UDP-glucose 4-epimerase  45.31 
 
 		 330 aa  286  4e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000044018  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1089  UDP-glucose 4-epimerase  44.72 
 
 		 323 aa  285  5.999999999999999e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  44.72 
 
 		 328 aa  285  5.999999999999999e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  45.71 
 
 		 320 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0159  UDP-galactose 4-epimerase  47.48 
 
 		 330 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.15603  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3237  UDP-glucose 4-epimerase  43.57 
 
 		 328 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.218159  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  43.93 
 
 		 329 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2242  UDP-galactose 4-epimerase  43.3 
 
 		 326 aa  283  4.0000000000000003e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  42.72 
 
 		 332 aa  282  5.000000000000001e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1702  UDP-galactose 4-epimerase  47.35 
 
 		 331 aa  282  5.000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1166  UDP-glucose 4-epimerase  43.48 
 
 		 330 aa  281  9e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1950  UDP-glucose 4-epimerase  45.65 
 
 		 328 aa  281  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00010158  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1793  UDP-glucose 4-epimerase  47.48 
 
 		 330 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1342  UDP-glucose 4-epimerase  46.08 
 
 		 332 aa  279  5e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0783  UDP-glucose 4-epimerase  43.47 
 
 		 329 aa  278  9e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.297847  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2084  UDP-glucose 4-epimerase  43.57 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  43.65 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0940  UDP-glucose 4-epimerase  43.22 
 
 		 327 aa  276  4e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0136  UDP-glucose 4-epimerase  47.04 
 
 		 324 aa  276  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.763249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0322  UDP-glucose 4-epimerase  42.37 
 
 		 326 aa  276  5e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  45.03 
 
 		 324 aa  275  6e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1392  UDP-glucose 4-epimerase  43.64 
 
 		 330 aa  275  9e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1332  UDP-glucose 4-epimerase  47.32 
 
 		 330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0208  UDP-glucose 4-epimerase  47.04 
 
 		 328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163102  normal  0.146368 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  41.93 
 
 		 337 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1708  UDP-glucose 4-epimerase  45.48 
 
 		 331 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.380668  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5114  UDP-glucose 4-epimerase  42.6 
 
 		 330 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5505  UDP-glucose 4-epimerase  42.6 
 
 		 330 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.678064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>