More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3725 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 288 aa  593  1e-169  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.24 
 
 		 281 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.87 
 
 		 323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.87 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 		 326 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1708  UDP-glucose 4-epimerase  33.12 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.380668  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 		 334 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  33.66 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 		 326 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 		 335 aa  118  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3287  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.2 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 		 320 aa  116  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  32.35 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 		 306 aa  116  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  32.59 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 		 328 aa  115  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 		 326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  32.65 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.02 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2888  putative UDP-glucose 4-epimerase  30.74 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  31.27 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  31.27 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  31.35 
 
 		 329 aa  113  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  32.47 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  31.21 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 		 332 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2187  UDP-galactose 4-epimerase  32.57 
 
 		 327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3795  UDP-glucose 4-epimerase  32.38 
 
 		 353 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.93 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0543  UDP-glucose 4-epimerase  31.7 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 		 310 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4416  UDP-glucose 4-epimerase  30.16 
 
 		 328 aa  109  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  32.69 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  31.79 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0474  UDP-glucose 4-epimerase  31.7 
 
 		 328 aa  109  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.814056  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0576  UDP-glucose 4-epimerase  28.16 
 
 		 325 aa  108  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.01 
 
 		 332 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00238  UDP-glucose 4-epimerase  30.43 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.83 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0537  UDP-glucose 4-epimerase  30.03 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  33.55 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3871  UDP-glucose 4-epimerase  32.05 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  30.9 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3275  UDP-galactose 4-epimerase  32.13 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2411  UDP-galactose 4-epimerase  29.84 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.016358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2242  UDP-galactose 4-epimerase  27.65 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  30.92 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.49 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2084  UDP-glucose 4-epimerase  29.18 
 
 		 328 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  29.65 
 
 		 337 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  30.38 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  32.37 
 
 		 329 aa  106  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1848  UDP-glucose 4-epimerase  30.84 
 
 		 337 aa  106  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1410  UDP-glucose 4-epimerase  30.96 
 
 		 339 aa  106  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.935662  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  29.97 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.62 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.3 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  32.89 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.87 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.78 
 
 		 335 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>