More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_04776 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04776  transcriptional regulator  100 
 
 		 90 aa  183  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 301 aa  54.3  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.14 
 
 		 300 aa  53.5  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  50.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 298 aa  50.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 298 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.23 
 
 		 299 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 298 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1902  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 308 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 298 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 304 aa  49.3  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 347 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 353 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 330 aa  48.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 293 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 299 aa  48.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  37.68 
 
 		 311 aa  47.8  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 316 aa  47.8  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000735562  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  28.99 
 
 		 303 aa  47.4  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2231  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  47.8  0.00006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2800  LysR, substrate-binding  36.67 
 
 		 294 aa  47.4  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 289 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 293 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 307 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 302 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 295 aa  46.2  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  46.2  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0736  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 355 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 314 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 312 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 345 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  46.2  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 362 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  45.4  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 308 aa  45.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 309 aa  45.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 295 aa  45.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  31.51 
 
 		 293 aa  45.4  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 299 aa  45.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.67 
 
 		 290 aa  45.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  45.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 299 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 297 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 299 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 305 aa  45.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 299 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 299 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 299 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  44.7  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 306 aa  45.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 312 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 331 aa  45.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 308 aa  45.1  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 295 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 295 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  45.1  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  44.7  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 295 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  44.3  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001430  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 295 aa  44.3  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000301248  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 303 aa  44.3  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 345 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.85 
 
 		 297 aa  44.3  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 344 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 303 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 288 aa  44.3  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.92 
 
 		 304 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 302 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 321 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 297 aa  43.9  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 349 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 300 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 367 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 367 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 303 aa  43.9  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 298 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  43.9  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  43.9  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 313 aa  43.9  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0770  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 300 aa  43.9  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 324 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 309 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0919  transcriptional regulator, LysR family protein  30.67 
 
 		 307 aa  43.9  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 322 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 310 aa  43.9  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 298 aa  43.9  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 349 aa  43.5  0.0009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.85 
 
 		 302 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 349 aa  43.5  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>