206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1217 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1217  xylose ABC transporter periplasmic component-like protein  100 
 
 
409 aa  760    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0162816 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  47.62 
 
 
378 aa  290  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  39.52 
 
 
372 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  36.51 
 
 
361 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  35.96 
 
 
380 aa  181  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  40.13 
 
 
385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  36.88 
 
 
369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  32.95 
 
 
366 aa  164  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  32.09 
 
 
350 aa  142  8e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  29.62 
 
 
370 aa  139  7e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.53 
 
 
344 aa  139  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  32.04 
 
 
374 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.74 
 
 
351 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  32.28 
 
 
358 aa  130  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  31.86 
 
 
348 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  29.02 
 
 
333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  31.86 
 
 
349 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.86 
 
 
349 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  32.01 
 
 
362 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  32.43 
 
 
354 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  28.45 
 
 
347 aa  124  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  32.2 
 
 
354 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.44 
 
 
381 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  29.08 
 
 
358 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2853  ABC-type xylose transport system periplasmic component  41.92 
 
 
268 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.325203  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.98 
 
 
368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  27.69 
 
 
332 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  27.36 
 
 
332 aa  113  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  28.36 
 
 
331 aa  113  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  28.36 
 
 
331 aa  113  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  29.17 
 
 
333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  27.36 
 
 
331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  28.18 
 
 
330 aa  112  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.7 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  27.04 
 
 
332 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  27.36 
 
 
330 aa  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  27.36 
 
 
330 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.38 
 
 
339 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.36 
 
 
330 aa  106  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  27.36 
 
 
330 aa  106  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  27.36 
 
 
330 aa  106  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  27.36 
 
 
330 aa  106  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  27.36 
 
 
330 aa  106  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  27.36 
 
 
330 aa  106  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  26.38 
 
 
331 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  28.29 
 
 
333 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.26 
 
 
363 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  30.81 
 
 
356 aa  103  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.63 
 
 
333 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  26.42 
 
 
339 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  28.38 
 
 
342 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.2 
 
 
333 aa  101  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  25.07 
 
 
373 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  27.09 
 
 
339 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  28.05 
 
 
335 aa  100  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.06 
 
 
340 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  28.06 
 
 
369 aa  98.6  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  26.48 
 
 
365 aa  97.8  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.23 
 
 
342 aa  96.7  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.35 
 
 
342 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  26.35 
 
 
365 aa  96.3  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  26.77 
 
 
342 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.35 
 
 
342 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.49 
 
 
376 aa  95.9  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  28.53 
 
 
374 aa  95.5  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.76 
 
 
342 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.76 
 
 
342 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.03 
 
 
342 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.71 
 
 
342 aa  94.4  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  26.52 
 
 
365 aa  94.4  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.35 
 
 
342 aa  94.4  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.35 
 
 
342 aa  94.4  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  29.28 
 
 
373 aa  93.6  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.46 
 
 
344 aa  92.4  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
335 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  27.27 
 
 
390 aa  91.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
335 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.62 
 
 
374 aa  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  25.64 
 
 
360 aa  92  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.16 
 
 
351 aa  91.3  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  25 
 
 
365 aa  91.3  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  22.38 
 
 
362 aa  90.5  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  24.63 
 
 
352 aa  90.1  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  29.97 
 
 
342 aa  86.7  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.52 
 
 
347 aa  86.7  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  25.73 
 
 
359 aa  86.3  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  26.37 
 
 
378 aa  85.5  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  26.16 
 
 
346 aa  85.1  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  28.44 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5949  solute-binding protein  25.83 
 
 
386 aa  83.2  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  25.39 
 
 
383 aa  82.8  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  27.24 
 
 
377 aa  82  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  25.95 
 
 
404 aa  80.9  0.00000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.9 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  25.62 
 
 
376 aa  80.1  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  23.4 
 
 
355 aa  80.1  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.53 
 
 
356 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.32 
 
 
341 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  22.55 
 
 
367 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  29.74 
 
 
340 aa  79.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>