More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_2889 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
359 aa  724    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  61.32 
 
 
354 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.17 
 
 
364 aa  439  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  61.32 
 
 
354 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  61.88 
 
 
353 aa  434  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  60.23 
 
 
354 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  61.88 
 
 
353 aa  434  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  61.29 
 
 
354 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  64.53 
 
 
379 aa  434  1e-120  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  61.7 
 
 
356 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  60.97 
 
 
355 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  58.26 
 
 
354 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  58.59 
 
 
356 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  61.89 
 
 
356 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  56.94 
 
 
357 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  57.64 
 
 
354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  58.91 
 
 
356 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  57.43 
 
 
353 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  59.7 
 
 
355 aa  398  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  58.01 
 
 
379 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  54.32 
 
 
359 aa  395  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  58.33 
 
 
361 aa  394  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  56.93 
 
 
354 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  55.59 
 
 
373 aa  372  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  55.56 
 
 
383 aa  362  7.0000000000000005e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  53.23 
 
 
378 aa  361  1e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  52.56 
 
 
385 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  48.81 
 
 
377 aa  349  5e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  49.6 
 
 
381 aa  345  7e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  52.17 
 
 
375 aa  343  4e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  51.78 
 
 
385 aa  334  1e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  52.54 
 
 
384 aa  333  3e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  50 
 
 
376 aa  329  4e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  48.21 
 
 
364 aa  329  5.0000000000000004e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  51.64 
 
 
388 aa  328  9e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  49.27 
 
 
355 aa  322  5e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  46.92 
 
 
376 aa  320  3e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  49.42 
 
 
383 aa  311  1e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  46.32 
 
 
379 aa  306  3e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  46.84 
 
 
365 aa  288  1e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  46.2 
 
 
365 aa  286  2.9999999999999996e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  41.92 
 
 
385 aa  255  9e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  40.95 
 
 
371 aa  228  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  38.98 
 
 
364 aa  218  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.75 
 
 
351 aa  204  3e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  39.52 
 
 
332 aa  196  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  38.48 
 
 
331 aa  193  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  40.18 
 
 
333 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  38.3 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  38.01 
 
 
332 aa  189  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  38.24 
 
 
330 aa  189  9e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  38.32 
 
 
331 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  38.32 
 
 
331 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  38.08 
 
 
331 aa  186  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.74 
 
 
342 aa  186  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.74 
 
 
342 aa  186  7e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  36.64 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.09 
 
 
342 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  37.57 
 
 
384 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.89 
 
 
342 aa  180  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.25 
 
 
368 aa  177  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  37.16 
 
 
330 aa  176  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  37.16 
 
 
330 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  37.46 
 
 
330 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  37.46 
 
 
330 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  37.46 
 
 
330 aa  176  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  37.46 
 
 
330 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.86 
 
 
330 aa  176  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  36.63 
 
 
333 aa  175  9e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  37.16 
 
 
330 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  37.46 
 
 
342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.84 
 
 
342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.2 
 
 
381 aa  173  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  33.51 
 
 
374 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.64 
 
 
342 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.64 
 
 
342 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  37.54 
 
 
365 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.54 
 
 
342 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.54 
 
 
342 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.44 
 
 
344 aa  170  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  33.63 
 
 
359 aa  166  4e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  36.75 
 
 
335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  36.31 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.47 
 
 
339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.12 
 
 
333 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.87 
 
 
333 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  35.45 
 
 
347 aa  161  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.95 
 
 
339 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.31 
 
 
350 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  32.1 
 
 
362 aa  157  4e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  35.35 
 
 
339 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  35.06 
 
 
356 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  34.39 
 
 
374 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  33.02 
 
 
352 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.35 
 
 
335 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.35 
 
 
335 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  35.44 
 
 
385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  33.79 
 
 
370 aa  145  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  32.66 
 
 
358 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  35.14 
 
 
372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>