272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0238 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  100 
 
 
384 aa  766    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  71.24 
 
 
385 aa  521  1e-146  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  74.15 
 
 
385 aa  520  1e-146  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  69.09 
 
 
383 aa  507  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  65.28 
 
 
375 aa  486  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  70.61 
 
 
388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  63.25 
 
 
381 aa  468  1.0000000000000001e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  64.08 
 
 
383 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  58.07 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  56.38 
 
 
361 aa  404  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  57.27 
 
 
373 aa  402  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  56.01 
 
 
354 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  56.3 
 
 
354 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  53.05 
 
 
377 aa  377  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  55.72 
 
 
354 aa  373  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  51.21 
 
 
359 aa  372  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  53.23 
 
 
355 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  54.52 
 
 
354 aa  363  2e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  55.19 
 
 
379 aa  362  7.0000000000000005e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  55.13 
 
 
355 aa  362  8e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  54.52 
 
 
353 aa  360  2e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  54.52 
 
 
353 aa  360  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  53.94 
 
 
354 aa  360  3e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.27 
 
 
356 aa  357  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  52.05 
 
 
354 aa  355  5e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  52.79 
 
 
356 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  56.06 
 
 
356 aa  355  5.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  51.44 
 
 
354 aa  350  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.53 
 
 
364 aa  349  6e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  50.97 
 
 
359 aa  348  7e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  51.75 
 
 
353 aa  345  6e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  49.08 
 
 
364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  51.58 
 
 
376 aa  341  1e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  49.86 
 
 
357 aa  338  8e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.49 
 
 
379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.49 
 
 
356 aa  335  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  47.64 
 
 
378 aa  330  2e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  44.97 
 
 
355 aa  309  5.9999999999999995e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  44.85 
 
 
376 aa  301  2e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  46.67 
 
 
365 aa  290  4e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  44.57 
 
 
365 aa  289  7e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  46.62 
 
 
371 aa  256  6e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  39.53 
 
 
385 aa  239  6.999999999999999e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  41.41 
 
 
364 aa  203  4e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  35.14 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  34.34 
 
 
374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  37.78 
 
 
384 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.99 
 
 
351 aa  192  9e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  33.62 
 
 
332 aa  160  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  33.92 
 
 
331 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  33.53 
 
 
333 aa  159  8e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.5 
 
 
330 aa  159  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  34.5 
 
 
330 aa  159  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  34.21 
 
 
330 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  34.21 
 
 
330 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  34.21 
 
 
330 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  34.21 
 
 
330 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  32.79 
 
 
347 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  34.21 
 
 
330 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  34.21 
 
 
330 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  33.53 
 
 
332 aa  156  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  33.82 
 
 
332 aa  156  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  32.84 
 
 
330 aa  156  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.88 
 
 
381 aa  155  9e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  33.76 
 
 
376 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  33.53 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  33.53 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  35.31 
 
 
333 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  32.34 
 
 
331 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  33.63 
 
 
335 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  31.53 
 
 
346 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.33 
 
 
345 aa  144  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.57 
 
 
344 aa  143  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  31.79 
 
 
342 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  33.51 
 
 
372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.81 
 
 
346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.79 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  35.86 
 
 
369 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.81 
 
 
346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.18 
 
 
342 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.18 
 
 
342 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.58 
 
 
368 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.15 
 
 
342 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3114  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.05 
 
 
347 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548007  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  32.38 
 
 
356 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  31.98 
 
 
339 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.06 
 
 
342 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  31.7 
 
 
365 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.06 
 
 
342 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.65 
 
 
350 aa  136  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.76 
 
 
342 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.76 
 
 
342 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.76 
 
 
342 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  32.76 
 
 
341 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.9 
 
 
339 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.76 
 
 
341 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.69 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.69 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  35.42 
 
 
362 aa  133  6e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  32.68 
 
 
352 aa  132  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>