265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_0404 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 
388 aa  769    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  71.88 
 
 
385 aa  515  1.0000000000000001e-145  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  69.58 
 
 
375 aa  512  1e-144  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  65.71 
 
 
381 aa  486  1e-136  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  70.03 
 
 
385 aa  483  1e-135  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  66.09 
 
 
383 aa  467  9.999999999999999e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  70.55 
 
 
384 aa  457  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  62.68 
 
 
383 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  59.33 
 
 
379 aa  435  1e-121  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  53.42 
 
 
361 aa  382  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  54.47 
 
 
373 aa  385  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  50.91 
 
 
377 aa  372  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  49.61 
 
 
354 aa  364  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  53.51 
 
 
354 aa  364  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  53.51 
 
 
354 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.14 
 
 
354 aa  360  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.41 
 
 
353 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  48.28 
 
 
359 aa  358  9.999999999999999e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.41 
 
 
353 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  50.88 
 
 
354 aa  353  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  49.48 
 
 
359 aa  350  2e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  52.63 
 
 
376 aa  350  2e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.47 
 
 
379 aa  349  4e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.59 
 
 
356 aa  348  7e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  52.68 
 
 
355 aa  348  8e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  48.15 
 
 
364 aa  347  2e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.79 
 
 
379 aa  346  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  50.74 
 
 
356 aa  346  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  50.44 
 
 
353 aa  346  4e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.49 
 
 
356 aa  345  8e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  51.5 
 
 
355 aa  344  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  49.56 
 
 
354 aa  340  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  50.9 
 
 
357 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  50.15 
 
 
354 aa  339  5e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  46.19 
 
 
356 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.17 
 
 
364 aa  326  5e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  43.08 
 
 
378 aa  304  1.0000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  47.24 
 
 
365 aa  296  6e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  47.85 
 
 
365 aa  291  1e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  48.3 
 
 
371 aa  278  1e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  44.15 
 
 
376 aa  277  3e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  41.57 
 
 
355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  39.64 
 
 
385 aa  253  3e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  42.64 
 
 
364 aa  215  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.38 
 
 
351 aa  193  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  36.78 
 
 
384 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  33.81 
 
 
374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  32.85 
 
 
359 aa  176  5e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 
381 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  33.04 
 
 
330 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  33.24 
 
 
330 aa  163  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  32.75 
 
 
330 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.75 
 
 
330 aa  162  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  32.75 
 
 
330 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  32.75 
 
 
330 aa  162  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  33.33 
 
 
331 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  32.75 
 
 
330 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  32.46 
 
 
330 aa  161  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  32.46 
 
 
330 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  32.84 
 
 
333 aa  160  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  33.33 
 
 
332 aa  160  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  31.33 
 
 
347 aa  159  6e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  33.63 
 
 
332 aa  158  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  33.63 
 
 
332 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  32.75 
 
 
331 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.4 
 
 
342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  32.74 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  32.74 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  35.71 
 
 
333 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  32.72 
 
 
339 aa  152  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  34.55 
 
 
372 aa  152  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  32.16 
 
 
335 aa  151  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.12 
 
 
368 aa  149  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.65 
 
 
350 aa  149  8e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  34.38 
 
 
341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  32.65 
 
 
376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 
341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.02 
 
 
342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  32.72 
 
 
342 aa  146  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.58 
 
 
344 aa  146  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.02 
 
 
342 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.38 
 
 
345 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.02 
 
 
365 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.02 
 
 
342 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.72 
 
 
342 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  30.29 
 
 
346 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.72 
 
 
342 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.72 
 
 
342 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.72 
 
 
342 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  32.04 
 
 
342 aa  142  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2619  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.22 
 
 
341 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997079  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.94 
 
 
335 aa  143  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.94 
 
 
335 aa  143  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.66 
 
 
346 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  33.72 
 
 
340 aa  140  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.23 
 
 
342 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.23 
 
 
342 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.23 
 
 
346 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.61 
 
 
339 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  31.48 
 
 
358 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>